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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vde | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Open State of TolC Outer Membrane Component of Mutlidrug Efflux Pumps | ||||||
要素 | OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / OUTER MEMBRANE / ALPHA HELICAL BARREL / MULTIDRUG EFFLUX PUMP / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE (生体膜) / TRANSPORT / BETA BARREL (Βバレル) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bavro, V.N. / Pietras, Z. / Furnham, N. / Perez-Cano, L. / Fernandez-Recio, J. / Pei, X.Y. / Truer, R. / Misra, R. / Luisi, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008 タイトル: Assembly and Channel Opening in a Bacterial Drug Efflux Machine. 著者: Bavro, V.N. / Pietras, Z. / Furnham, N. / Perez-Cano, L. / Fernandez-Recio, J. / Pei, X.Y. / Truer, R. / Misra, R. / Luisi, B. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vde.cif.gz | 249.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vde.ent.gz | 202 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vde.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vde | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50623.000 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 1-450 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET41B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43, C41 / 参照: UniProt: P02930 #2: 化合物 | ChemComp-CL / 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 191 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 384 TO PHE ...ENGINEERED | 非ポリマーの詳細 | CHLORIDE ION (CL): CHLORIDE DEDUCED FROM COORDINATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.91 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 10.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M CAPS PH10.5, 30% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日 / 詳細: SLITS |
放射 | モノクロメーター: HORIZONTALLY SIDE DIFFRACTING SILICON 111 CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→22.1 Å / Num. obs: 36034 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.53 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EK9 解像度: 3.2→22.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.541 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED IN FULL WITH OCCUPANCY ZERO.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→22.08 Å
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拘束条件 |
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