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- PDB-2v8z: Crystal Structure of YagE, a prophage protein belonging to the di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v8z
タイトルCrystal Structure of YagE, a prophage protein belonging to the dihydrodipicolinic acid synthase family from E. coli K12
要素YAGEバニステリオプシス・カーピ
キーワードLYASE (リアーゼ) / N-ACETYL NEURAMINATE LYASE / NAL / DHDPS
機能・相同性
機能・相同性情報


2-デヒドロ-3-デオキシ-D-吉草酸アルドラーゼ / aldonic acid catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル ...Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase YagE
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Manicka, S. / Peleg, Y. / Unger, T. / Albeck, S. / Dym, O. / Greenblatt, H.M. / Bourenkov, G. / Lamzin, V. / Krishnaswamy, S. / Sussman, J.L.
引用ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Bioinf. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Yage, a Putative Dhdps Like Protein from Escherichia Coli K12.
著者: Manicka, S. / Peleg, Y. / Unger, T. / Albeck, S. / Dym, O. / Greenblatt, H.M. / Bourenkov, G. / Lamzin, V. / Krishnaswamy, S. / Sussman, J.L.
履歴
登録2007年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YAGE
B: YAGE
C: YAGE
D: YAGE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,0534
ポリマ－148,0534
非ポリマー00
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10540 Å2
ΔGint-47.4 kcal/mol
Surface area38030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.689, 156.494, 55.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2039-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 12 - 309 / Label seq-ID: 30 - 327

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12CC
22DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.6915, -0.03343, -0.7216), (-0.03241, -0.9994, 0.01523), (-0.7217, 0.01286, -0.692)-14.51, 81.45, -37.54
2given(0.6812, -0.02649, -0.7316), (-0.02732, -0.9996, 0.01075), (-0.7316, 0.01267, -0.6816)-14.75, 81.3, -37.37

-
要素

#1: タンパク質
YAGE / バニステリオプシス・カーピ / PUTATIVE LYASE-SYNTHASE YAGE


分子量: 37013.172 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 3-309 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 解説: GENOBASE, TOKYO / プラスミド: PET28TEVH/YAGE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P75682
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 100 MM HEPES PH 6.5, 200 MM MGCL2, 25% PEG 3350, RT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS-IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月8日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 73987 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V9D

2v9d


解像度: 2.2→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 11.088 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SIDECHAIN ATOMS WITH NO ELECTRON DENSITY (3SIGMA ON DIFFERENCE MAP) ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 3252 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 60553 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 5.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9014 0 0 464 9478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0229206
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7881.96912548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.5351188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85724.645366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.3151480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0341538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.21484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.24455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.26300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3630.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7021.56100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96929558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01733478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.034.52990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2247tight positional0.110.05
12B2247tight positional0.110.05
21C2252tight positional0.090.05
22D2252tight positional0.090.05
11A2247tight thermal0.150.5
12B2247tight thermal0.150.5
21C2252tight thermal0.150.5
22D2252tight thermal0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.302 210
Rwork0.222 4357
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7720.532-0.01712.3268-0.52450.2891-0.1266-0.0559-0.1958-0.44130.0256-0.47210.1028-0.00450.1010.0350.01290.1385-0.0444-0.0121-0.0403-1.8423.25-21.989
20.43920.1506-0.1110.9633-0.14950.4644-0.0408-0.00050.0108-0.11310.0207-0.16680.01850.00310.0201-0.0690.00660.0323-0.0399-0.0048-0.1176-0.65357.921-20.826
30.59150.3187-0.14691.93560.19150.3562-0.01020.02390.0233-0.0429-0.06440.39470.0489-0.02970.0745-0.0938-0.0180.005-0.0077-0.0264-0.0447-35.05424.014-6.777
40.29910.6399-0.05222.75410.3070.52750.0004-0.0640.2464-0.1359-0.11830.8095-0.0452-0.05460.1179-0.1340.0215-0.0436-0.0103-0.06720.1306-34.87358.784-7.765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 309
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 309
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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