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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2uyi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of KSP in complex with ADP and thiophene containing inhibitor 33 | ||||||
要素 | KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11KIF11 | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / KSP / EG5 / COMPLEX / MITOSIS (有糸分裂) / THIOPHENE (チオフェン) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / NUCLEOTIDE-BINDING / KINESIN SPINDLE PROTEIN / MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / CELL DIVISION (細胞分裂) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / MICROTUBULE (微小管) / COILED COIL (コイルドコイル) / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spindle elongation / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / regulation of mitotic centrosome separation / mitotic centrosome separation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / microtubule-based movement ...spindle elongation / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / regulation of mitotic centrosome separation / mitotic centrosome separation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / 紡錘体 / spindle / 紡錘体 / mitotic cell cycle / microtubule binding / 微小管 / 細胞分裂 / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, T.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007 タイトル: Synthesis and Sar of Thiophene Containing Kinesin Spindle Protein (Ksp) Inhibitors. 著者: Pinkerton, A.B. / Lee, T.T. / Hoffman, T.Z. / Wang, Y. / Kahraman, M. / Cook, T.G. / Severance, D. / Gahman, T.C. / Noble, S.A. / Shiau, A.K. / Davis, R.L. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2uyi.cif.gz | 145.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2uyi.ent.gz | 120.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2uyi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/2uyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/2uyi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41055.582 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52732 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 100 MM BIS-TRIS (PH 6.0) 200 MM AMMONIUM SULFATE, AND 18-20% PEG3350. 10 MM SRCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 52737 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.1→79.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 5.541 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→79.56 Å
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拘束条件 |
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