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万見
- PDB-2rd5: Structural basis for the regulation of N-acetylglutamate kinase b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rd5
タイトルStructural basis for the regulation of N-acetylglutamate kinase by PII in Arabidopsis thaliana
要素
  • Acetylglutamate kinase-like protein
  • PII protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / protein-protein complex / regulation of arginine biosynthesis / nitrogen metabolism (窒素循環) / Kinase (キナーゼ) / Transferase (転移酵素) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylglutamate kinase regulator activity / regulation of arginine biosynthetic process via ornithine / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / chloroplast thylakoid / response to sucrose / arginine biosynthetic process via ornithine / regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of nitrogen utilization ...acetylglutamate kinase regulator activity / regulation of arginine biosynthetic process via ornithine / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / chloroplast thylakoid / response to sucrose / arginine biosynthetic process via ornithine / regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of nitrogen utilization / arginine binding / : / 色素体 / 葉緑体 / response to light stimulus / 葉緑体 / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
N-Acetyl-L-glutamate kinase, cyclic / Acetylglutamate kinase ArgB / Acetylglutamate kinase family / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein P-II / Glutamate/acetylglutamate kinase / Nitrogen regulatory protein PII / P-II protein family profile. ...N-Acetyl-L-glutamate kinase, cyclic / Acetylglutamate kinase ArgB / Acetylglutamate kinase family / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein P-II / Glutamate/acetylglutamate kinase / Nitrogen regulatory protein PII / P-II protein family profile. / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アルギニン / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / N-ACETYL-L-GLUTAMATE / Acetylglutamate kinase, chloroplastic / Nitrogen regulatory protein P-II homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Mizuno, Y. / Moorhead, G.B.G. / Ng, K.K.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for the Regulation of N-Acetylglutamate Kinase by PII in Arabidopsis thaliana.
著者: Mizuno, Y. / Moorhead, G.B. / Ng, K.K.
履歴
登録2007年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylglutamate kinase-like protein
B: Acetylglutamate kinase-like protein
C: PII protein
D: PII protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,73915
ポリマ－92,0684
非ポリマー2,67011
水1,15364
1
A: Acetylglutamate kinase-like protein
B: Acetylglutamate kinase-like protein
C: PII protein
D: PII protein
ヘテロ分子

A: Acetylglutamate kinase-like protein
B: Acetylglutamate kinase-like protein
C: PII protein
D: PII protein
ヘテロ分子

A: Acetylglutamate kinase-like protein
B: Acetylglutamate kinase-like protein
C: PII protein
D: PII protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,21645
ポリマ－276,20512
非ポリマー8,01133
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.133, 171.133, 171.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-1003-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Acetylglutamate kinase-like protein


分子量: 31254.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: T8H10.160 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami pLysRARE / 参照: UniProt: Q9SCL7, acetylglutamate kinase
#2: タンパク質 PII protein / P II nitrogen sensing protein GLB I / At4g01900


分子量: 14779.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT4g01900, T7B11.16 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami pLysRARE / 参照: UniProt: Q9ZST4

-
非ポリマー , 6種, 75分子

#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン / アルギニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-NLG / N-ACETYL-L-GLUTAMATE / N-アセチルグルタミン酸 / N-アセチルグルタミン酸


分子量: 189.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO5
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8.5% PEG 8000, 8.5% PEG 1000, 0.1 M Na-HEPES, 0.4 M TMAO, 50 mM L-aginine, 2 mM DTT, 12% (w/v) glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.3361 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月24日 / 詳細: vertically focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3361 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 57349 / Num. obs: 57349 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 61.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 5692 / Rsym value: 0.95 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MxDCデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 2BUF, 2O66

2buf

2o66


解像度: 2.51→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 12.315 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22928 2907 5.1 %RANDOM
Rwork0.20116 ---
all0.20261 54380 --
obs0.20261 54380 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.497 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6095 0 169 64 6328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226348
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2912.0138572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4415811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95524.052232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.505151136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7131546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.22527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.24328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.80224158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6682.56491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.23.52445
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7594.52081
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.572 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 221 -
Rwork0.262 3987 -
obs-4206 99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8031-0.2990.06181.87850.00240.4131-0.0130.25990.0368-0.31760.02760.0449-0.02740.0224-0.0146-0.04410.0903-0.0378-0.039-0.0915-0.130886.650748.250545.387
21.0816-0.3490.18431.8145-0.33420.9519-0.01770.11830.0083-0.02160.0182-0.18120.06250.175-0.0005-0.1331-0.03-0.0693-0.11240.0985-0.168779.710693.325148.3085
32.0039-0.44020.6741.1982-0.43012.0778-0.00540.04890.29610.00140.004-0.2775-0.12850.32840.0014-0.1439-0.0923-0.0442-0.1059-0.0105-0.078395.649992.183180.7885
42.5274-0.26270.80881.4496-0.2851.75850.00950.415-0.0705-0.27930.00220.07270.25660.0343-0.0117-0.0064-0.0583-0.1055-0.0217-0.1294-0.119151.840845.307136.2927
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA17 - 29618 - 297
2X-RAY DIFFRACTION2BB15 - 29616 - 297
3X-RAY DIFFRACTION3CC5 - 1296 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4DD5 - 1306 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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