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万見
- PDB-2poq: Dimeric Dihydrodiol Dehydrogenase complexed with inhibitor, Isoas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2poq
タイトルDimeric Dihydrodiol Dehydrogenase complexed with inhibitor, Isoascorbic acid
要素Dimeric dihydrodiol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADP-binding Rossmann-fold domain / Predominantly anti-parallel Beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose 1-dehydrogenase (NADP+, D-xylono-1,5-lactone-forming) / D-xylose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich ...Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / ISOASCORBIC ACID / Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Carbone, V. / El-Kabbani, O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of monkey dimeric dihydrodiol dehydrogenase in complex with isoascorbic acid.
著者: Carbone, V. / Sumii, R. / Ishikura, S. / Asada, Y. / Hara, A. / El-Kabbani, O.
履歴
登録2007年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Dimeric dihydrodiol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1207
ポリマ－36,4811
非ポリマー6396
水3,801211
1
X: Dimeric dihydrodiol dehydrogenase
ヘテロ分子

X: Dimeric dihydrodiol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,23914
ポリマ－72,9622
非ポリマー1,27712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area4832.5 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.832, 122.832, 121.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-95-

HOH

21X-210-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dimeric dihydrodiol dehydrogenase


分子量: 36481.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
遺伝子: CMO2DD / プラスミド: pKK223-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9TQS6, Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 糖 ChemComp-ISD / ISOASCORBIC ACID / (5R)-5-[(1R)-1,2-DIHYDROXYETHYL]-3,4-DIHYDROXYFURAN-2(5H)-ONE / エリソルビン酸 / エリソルビン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2M ammonium sulphate, 0.1 sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月11日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→20 Å / Num. all: 17256 / Num. obs: 17128 / % possible obs: 99.26 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.59→2.68 Å / 冗長度: 3.6284 % / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2O4U

2o4u


解像度: 2.59→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 7.568 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 864 5 %RANDOM
Rwork0.16699 ---
all0.2024 17128 --
obs0.17035 16264 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.63 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.267 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 36 211 2776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1051.9783543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5095330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88523.738107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.715438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5061518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021952
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21794
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0621.51687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78322646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.06531034
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8434.5897
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.659 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 52 -
Rwork0.358 1051 -
obs--88.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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