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- PDB-2plo: D-(GTATACC) low temperature (100K) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2plo
タイトルD-(GTATACC) low temperature (100K)
要素5'-D(*DGP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DC)-3'
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / HIGH PRESSURE (高圧) / LOW TEMPERATURE (低温物理学) / COMPRESSIBILITY / CRYSTALS (結晶)
機能・相同性デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Prange, T. / Lecouvey, M. / Migianu-Griffoni, E.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Adaptation of macromolecular crystals to extreme conditions: high pressure versus low temperature
著者: Prange, T. / Girard, E. / Kahn, R. / Lecouvey, M. / Migianu-Griffoni, E. / Mezouar, M. / Fourme, R.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Adaptation of base paired double helix architecture to extreme pressure
著者: Girard, E. / Prange, T. / Dhaussy, A.C. / Migianu-Griffoni, E. / Lecouvey, M. / Chervin, J.C. / Mezouar, M. / Kahn, R. / Fourme, R.
履歴
登録2007年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DC)-3'
B: 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DC)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8763
ポリマ－4,8532
非ポリマー231
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-9.7 kcal/mol
Surface area3110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.783, 44.783, 41.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細A form of DNA - double stranded helix

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DC)-3'


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: automated solid synthesis
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mg dissolved in 0.2 ml of 15 % MPD, 10-2 M sodium cacodylate buffer. Additives : 10-5M sodium azide, 10-2 M MgCl2 and 2.10-2 M spermine chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3sodium azide11
4MgCl211
5spermine chloride11
6MPD12
7sodium cacodylate12
8sodium azide12
9MgCl212
10spermine chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.962 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月10日 / 詳細: Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→10 Å / Num. obs: 9382 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2PL8

2pl8


解像度: 1.4→10 Å / Num. parameters: 1579 / Num. restraintsaints: 1606 / Isotropic thermal model: individual isotropic B factors / 交差検証法: NONE / σ(F): 2 / σ(I): 4
Rfactor反射数%反射
Rwork0.17 --
all0.1796 9357 -
obs0.1773 8870 100 %
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 182 / Occupancy sum non hydrogen: 393
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 322 1 70 393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.098
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.295
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0005
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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