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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pf2 | ||||||
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タイトル | THE CA+2 ION AND MEMBRANE BINDING STRUCTURE OF THE GLA DOMAIN OF CA-PROTHROMBIN FRAGMENT 1 | ||||||
要素 | PROTHROMBIN FRAGMENT 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE(SERINE PROTEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fibrinogen binding / トロンビン / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Soriano-Garcia, M. / Padmanabhan, K. / De vos, A.M. / Tulinsky, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: The Ca2+ ion and membrane binding structure of the Gla domain of Ca-prothrombin fragment 1. 著者: Soriano-Garcia, M. / Padmanabhan, K. / de Vos, A.M. / Tulinsky, A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Structure of Bovine Prothrombin Fragment 1 Refined at 2.25 Angstroms Resolution 著者: Seshadri, T.P. / Tulinsky, A. / Skrzypczak-Jankun, E. / Park, C.H. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989 タイトル: Structure of Ca2+ Prothrombin Fragment 1 Including the Conformation of the Gla Domain 著者: Soriano-Garcia, M. / Park, C.H. / Tulinsky, A. / Ravichandran, K.G. / Skrzypczak-Jankun, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pf2.cif.gz | 45.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pf2.ent.gz | 35.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pf2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/2pf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/2pf2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO 54 AND PRO 95 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18024.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: taken from Soriano-Garacia, M. et al (1989), Biochemistry, 28, 6805-6810. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. all: 12662 / Num. obs: 8141 / % possible obs: 64 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→7 Å / Rfactor obs: 0.171 / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 1024 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |