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万見
- PDB-2ooh: Crystal Structure of MIF bound to a Novel Inhibitor, OXIM-11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ooh
タイトルCrystal Structure of MIF bound to a Novel Inhibitor, OXIM-11
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / alternative ligand-binding modes
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of protein metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation / 細胞老化 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 炎症 / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXYBENZALDEHYDE O-(CYCLOHEXYLCARBONYL)OXIME / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Crichlow, G.V. / Al-Abed, Y. / Lolis, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Alternative chemical modifications reverse the binding orientation of a pharmacophore scaffold in the active site of macrophage migration inhibitory factor.
著者: Crichlow, G.V. / Cheng, K.F. / Dabideen, D. / Ochani, M. / Aljabari, B. / Pavlov, V.A. / Miller, E.J. / Lolis, E. / Al-Abed, Y.
履歴
登録2007年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月6日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,51215
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,44712
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9760 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.595, 95.595, 103.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The asymmetric unit contains one homotrimer of MIF, which is presumed to be thre biological unit.

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要素

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / / MIF / Phenylpyruvate tautomerase / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / (EC 5.3.2.1)


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF / プラスミド: pET11b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14174, フェニルピルビン酸タウトメラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-OX3 / 4-HYDROXYBENZALDEHYDE O-(CYCLOHEXYLCARBONYL)OXIME / 4-ヒドロキシベンズアルデヒド(E)-O-(シクロヘキシルカルボニル)オキシム


分子量: 247.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17NO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50% saturated ammonium sulfate, 4% isopropanol, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane,mixed with protein:inhibitor complex in a 1:1 ratio, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→110 Å / Num. obs: 46128 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.334 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.9240.3544511.302196
1.92-1.9940.24144311.168195.1
1.99-2.084.10.18445041.178197.4
2.08-2.194.20.14245691.116198.2
2.19-2.334.30.11645901.181198.8
2.33-2.514.50.09946891.178199.7
2.51-2.764.70.08346431.334199.8
2.76-3.165.10.06546951.383199.6
3.16-3.995.60.04747241.613199.2
3.99-1105.60.03748321.597198

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.332 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.727 / Cor.coef. Io to Ic: 0.67
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15 Å
Translation3 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LJT

1ljt


解像度: 1.85→110 Å / Isotropic thermal model: isotropic
交差検証法: throughout, until most of the model was completed, then all observed data were used in some of the later refinement rounds. (R-free value quoted is that obtained before refinement ...交差検証法: throughout, until most of the model was completed, then all observed data were used in some of the later refinement rounds. (R-free value quoted is that obtained before refinement was performed against all data).
σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: OXIM-11 molecules were modelled with partial occupancies. Glycerol molecules modelled in the same active sites as OXIM-11 have occupancies were modlled as having occupancies equal to 1-(OXIM- ...詳細: OXIM-11 molecules were modelled with partial occupancies. Glycerol molecules modelled in the same active sites as OXIM-11 have occupancies were modlled as having occupancies equal to 1-(OXIM-11 occupancy for that active site). The ratio of OXIM-11 to glycerol occupancy for each active site was determined by occupancy refinement in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2228 -random
Rwork0.191 ---
obs0.192 44612 95.1 %-
all-46116 --
原子変位パラメータBiso mean: 22.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→110 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2586 0 88 305 2979

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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