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- PDB-2o5x: Crystal structure of 1E9 LeuH47Trp/ArgH100Trp, an engineered Diel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o5x
タイトルCrystal structure of 1E9 LeuH47Trp/ArgH100Trp, an engineered Diels-Alderase Fab with nM steroid-binding affinity
要素(chimeric antibody Fab 1E9-DB3) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin (抗体) / chimeric Fab / antibody engineering (モノクローナル抗体) / evolution of ligand recognition
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Verdino, P. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Closely related antibody receptors exploit fundamentally different strategies for steroid recognition.
著者: Verdino, P. / Aldag, C. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE There is no aminoacid sequence database reference available for the protein. The protein ...SEQUENCE There is no aminoacid sequence database reference available for the protein. The protein was designed using variable domains from mouse and the constant domains from humans

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,74714
ポリマ－48,5692
非ポリマー1,17912
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA, PQS
2
L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,49528
ポリマ－97,1374
非ポリマー2,35824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area13160 Å2
ΔGint-330 kcal/mol
Surface area37320 Å2
手法PISA
3
L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子

H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子

H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,49528
ポリマ－97,1374
非ポリマー2,35824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_646y+1,x-1,-z+11
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z+1/31
crystal symmetry operation5_545x-y,-y-1,-z+2/31
Buried area6620 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area43490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.573, 127.573, 91.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-411-

SO4

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要素

#1: 抗体 chimeric antibody Fab 1E9-DB3


分子量: 24143.002 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 変異: G63S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: p4xH-1E9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#2: 抗体 chimeric antibody Fab 1E9-DB3


分子量: 24425.525 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 変異: L47W, M87T, R100W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: p4xH-1E9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium citrate, 0.01% PEG 20000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99996 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 54755 / Num. obs: 54536 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 8.2 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.29 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 52.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C1E

1c1e


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 7.275 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20399 2730 5 %RANDOM
Rwork0.17812 ---
all0.17945 51644 --
obs0.17945 51412 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.637 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.77 Å20.89 Å20 Å2
2--1.77 Å20 Å2
3----2.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 63 278 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6741.975121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5385494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60924.483145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.15415602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.661512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22490
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.21532354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.41853784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.00481558
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.307111316
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 185 -
Rwork0.236 3758 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.55082.2456-0.18652.05390.6383.53260.1068-0.30710.34210.1711-0.10920.1918-0.1127-0.1990.0024-0.1938-0.0840.0459-0.1308-0.0351-0.164249.4553-42.867513.1555
22.01090.0927-0.66172.29722.856811.0628-0.08340.4756-0.0469-0.38010.0456-0.171-0.16860.77780.0378-0.2270.04520.0170.0640.028-0.212978.4576-45.9355-12.2953
32.4830.7328-1.79431.0148-0.85066.39880.01190.0850.0523-0.14390.00910.20890.104-0.3243-0.021-0.1869-0.1415-0.0114-0.11810.0122-0.198140.0337-56.0256-2.0351
45.6162-1.01573.44482.3201-1.10665.53850.11780.036-0.5906-0.04790.0438-0.29420.78040.5607-0.16160.00850.09210.0275-0.1541-0.0209-0.147369.8888-59.5541-11.0362
5197.8354-0.575483.2196537.6124390.527433.4081-1.13821.4087.00453.8746-0.30545.1203-4.0938-3.88621.44360.11190.0149-0.06750.05120.01320.058935.7014-51.54779.0281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LA1 - 1081 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2LA109 - 213114 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3HB1 - 1131 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4HB114 - 227120 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5HN3011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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