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- PDB-2lzt: REFINEMENT OF TRICLINIC LYSOZYME. II. THE METHOD OF STEREOCHEMICA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lzt
タイトルREFINEMENT OF TRICLINIC LYSOZYME. II. THE METHOD OF STEREOCHEMICALLY RESTRAINED LEAST-SQUARES
要素HEN EGG WHITE LYSOZYME
キーワードHYDROLASE(O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
硝酸塩 / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Ramanadham, M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990
タイトル: Refinement of triclinic lysozyme: II. The method of stereochemically restrained least squares.
著者: Ramanadham, M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Refinement of Triclinic Lysozyme. I. Fourier and Least Squares Methods
著者: Hodsdon, J.M. / Brown, G.M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#2: ジャーナル: The Immune Response to Structurally Defined Proteins. The Lysozyme Model
年: 1989
タイトル: Triclinic Lysozyme. Some Features of the Structure at 2 Angstroms Resolution
著者: Ramanadham, M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1987
タイトル: Srlsq Refinement of Triclinic Lysozyme
著者: Ramanadham, M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1981
タイトル: Structure of Triclinic Lysozyme and its Cu2+ Complex at 2 Angstroms Resolution
著者: Ramanadham, M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Structures of Triclinic Mono-and Di-N-Acetylglucosamine. Lysozyme Complexes-A Crystallographic Study
著者: Kurachi, K. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: Metal Ion Binding in Triclinic Lysozyme
著者: Kurachi, K. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
履歴
登録1989年8月21日-
改定 1.01990年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEN EGG WHITE LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6416
ポリマ－14,3311
非ポリマー3105
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.283, 31.980, 34.291
Angle α, β, γ (deg.)88.53, 108.57, 111.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: SEE REMARK 5.

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要素

#1: タンパク質 HEN EGG WHITE LYSOZYME


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.65 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.55 / 手法: unknown
詳細: taken from Kurachi, K. et al (1976). J. Mol. Biol., 101-11-24.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11 %protein11
22 %11NaNO3
30.05 Msodium acetate11
41.0 Macetic acid11used to adjust pH to 4.55

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.97 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 7075 / Rmerge(I) obs: 0.314 / Biso Wilson estimate: 8 Å2 / Num. measured all: 7131

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.124 / 最高解像度: 1.97 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 20 249 1270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0470.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.140.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.170.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2380.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1870.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.43.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.112.5
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor19.420
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.97 Å / Rfactor obs: 0.124
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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