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万見
- PDB-5nbj: DLS Tetragonal - ReHEWL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nbj
タイトルDLS Tetragonal - ReHEWL
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / Rhenium tricarbonyl / Hen egg white lysozyme / radiopharmaceutical development
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RHENIUM / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.266 Å
データ登録者Brink, A. / Helliwell, J.R.
資金援助 南アフリカ, 2件
組織認可番号国
National Research FoundationUID 84266 & 99139 南アフリカ
SASOL University Collaboration Initiative 南アフリカ
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2017
タイトル: New leads for fragment-based design of rhenium/technetium radiopharmaceutical agents.
著者: Brink, A. / Helliwell, J.R.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_obs ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.42019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,53521
ポリマ－14,3311
非ポリマー2,20420
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area6690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.890, 79.890, 37.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-379-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Multiple coordination possibilities of fac-[Re(CO)3(H2O)3]+ to the HEWL protein
由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-RE / RHENIUM / レニウム


分子量: 186.207 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Re
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 / 詳細: 10% NaCl, NaOAc 0.04 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.266→39.95 Å / Num. obs: 32463 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 2.066 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 283 / Num. unique obs: 1660 / CC1/2: 0.556 / Rpim(I) all: 0.688 / Rrim(I) all: 1.722 / Rsym value: 2.066 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W1Y

2w1y


解像度: 1.266→39.945 Å / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1966 1638 5.05 %
Rwork0.1722 --
obs0.1734 32462 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.266→39.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 20 80 1101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1451395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.266-1.30330.27341370.25382502X-RAY DIFFRACTION100
1.3033-1.34540.28011450.21542518X-RAY DIFFRACTION100
1.3454-1.39340.24161290.19982524X-RAY DIFFRACTION100
1.3934-1.44920.2541330.17812533X-RAY DIFFRACTION100
1.4492-1.51520.20991300.16782540X-RAY DIFFRACTION100
1.5152-1.59510.19231310.15482543X-RAY DIFFRACTION100
1.5951-1.6950.17591360.14442558X-RAY DIFFRACTION100
1.695-1.82590.19531670.1442528X-RAY DIFFRACTION100
1.8259-2.00960.21071270.15752577X-RAY DIFFRACTION100
2.0096-2.30040.16511360.15872586X-RAY DIFFRACTION100
2.3004-2.89810.19861460.18752616X-RAY DIFFRACTION100
2.8981-39.96490.18961210.17622799X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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