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万見
- PDB-2kft: NMR Solution structure of the first PHD finger domain of human Au... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kft
タイトルNMR Solution structure of the first PHD finger domain of human Autoimmune Regulator (AIRE) in complex with Histone H3(1-20Cys) Peptide
要素
  • Autoimmune regulator
  • Histone H3ヒストンH3
キーワードTRANSCRIPTION/PROTEIN BINDING / PHD Finger / Histone Code / AIRE / APECED / Transcription (転写 (生物学)) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cytoplasm (細胞質) / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Polymorphism / Transcription regulation / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / Chromosomal protein (染色体) / Nucleosome core / TRANSCRIPTION-PROTEIN BINDING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral T cell tolerance induction / central tolerance induction to self antigen / regulation of thymocyte migration / thymus epithelium morphogenesis / negative thymic T cell selection / female germ cell nucleus / 液性免疫 / translation regulator activity / positive regulation of chemokine production / male germ cell nucleus ...peripheral T cell tolerance induction / central tolerance induction to self antigen / regulation of thymocyte migration / thymus epithelium morphogenesis / negative thymic T cell selection / female germ cell nucleus / 液性免疫 / translation regulator activity / positive regulation of chemokine production / male germ cell nucleus / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone binding / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / 免疫応答 / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Autoimmune regulator, AIRE / AIRE, PHD finger 2 / HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain ...Autoimmune regulator, AIRE / AIRE, PHD finger 2 / HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autoimmune regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 20
データ登録者Chakravarty, S. / Zeng, L. / Zhou, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure and Site-Specific Recognition of Histone H3 by the PHD Finger of Human Autoimmune Regulator.
著者: Chakravarty, S. / Zeng, L. / Zhou, M.M.
履歴
登録2009年2月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autoimmune regulator
B: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4444
ポリマ－8,3142
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Autoimmune regulator / / Autoimmune polyendocrinopathy candidiasis ectodermal dystrophy protein / APECED protein


分子量: 6019.827 Da / 分子数: 1 / 断片: AIRE PHD-type 1 Zinc Finger / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIRE, APECED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43918
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3 / ヒストンH3


分子量: 2293.715 Da / 分子数: 1 / 断片: Histone H3 1-20Cys N-terminal domain / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR Structure of AIRE PHD Finger in Complex with unmodified Histone H3 1-20 N-terminal tail
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-13C NOESY
1413D HN(COCA)CB
1513D HN(CO)CA
1612D DQF-COSY
1712D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 15N] AIRE PHD finger 1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: AIRE PHD finger 1 / Isotopic labeling: [U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 250 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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