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万見
- PDB-6mr1: RbcS-like subdomain of CcmM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mr1
タイトルRbcS-like subdomain of CcmM
要素Carbon dioxide concentrating mechanism protein
キーワードPROTEIN BINDING / carboxysome / RubisCO / CcmM
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxysome assembly protein CcmM / : / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIOCYANATE ION / Carboxysome assembly protein CcmM
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Ryan, P. / Kimber, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)04045-2015 カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: The small RbcS-like domains of the beta-carboxysome structural protein CcmM bind RubisCO at a site distinct from that binding the RbcS subunit.
著者: Ryan, P. / Forrester, T.J.B. / Wroblewski, C. / Kenney, T.M.G. / Kitova, E.N. / Klassen, J.S. / Kimber, M.S.
履歴
登録2018年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,19910
ポリマ－21,6782
非ポリマー5218
水3,585199
1
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0304
ポリマ－10,8391
非ポリマー1903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1696
ポリマ－10,8391
非ポリマー3305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.900, 73.560, 76.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbon dioxide concentrating mechanism protein


分子量: 10839.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: ccmM / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DKB5

-
非ポリマー , 5種, 207分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.48 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium thiocyanate, 10 mM CoCl2, 0.1 M MES pH 6.5, 30 mg/mL protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 36148 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2559 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→38.285 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 1808 5 %
Rwork0.1714 --
obs0.1726 36146 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→38.285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1408 0 20 199 1627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5932292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.642700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.38650.27431330.25462526X-RAY DIFFRACTION95
1.3865-1.42730.26711340.22372538X-RAY DIFFRACTION97
1.4273-1.47340.25941360.20992599X-RAY DIFFRACTION98
1.4734-1.5260.20491360.19692568X-RAY DIFFRACTION97
1.526-1.58710.22411380.19312624X-RAY DIFFRACTION99
1.5871-1.65940.18021370.18032598X-RAY DIFFRACTION98
1.6594-1.74690.21611380.18122629X-RAY DIFFRACTION99
1.7469-1.85630.21461380.16982622X-RAY DIFFRACTION99
1.8563-1.99960.19351400.16872667X-RAY DIFFRACTION99
1.9996-2.20080.18761410.15932678X-RAY DIFFRACTION99
2.2008-2.51920.19391410.15782682X-RAY DIFFRACTION99
2.5192-3.17370.18571450.17372739X-RAY DIFFRACTION100
3.1737-38.30040.18051510.16262868X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6696-0.07461.25832.19861.04985.4044-0.0826-0.11080.49960.2236-0.0476-0.4108-0.32480.12560.12910.1306-0.00140.01930.2217-0.01550.153219.136124.070550.5921
25.58751.29711.68618.07441.3435.51850.1901-0.3617-0.40140.5155-0.12020.21950.3444-0.56-0.08570.1324-0.05460.00180.20430.05750.10128.782512.967251.1529
37.9406-3.9573-0.96575.42731.25922.1249-0.002-0.12820.0997-0.00810.0064-0.1596-0.1893-0.01060.00890.1153-0.01320.00360.09570.01260.060518.537419.12345.1352
46.48494.2647-3.84054.0008-4.59366.6510.2729-0.04540.34740.6273-0.09840.0853-0.4261-0.048-0.09110.16860.01870.01940.16560.01950.14943.4246-12.205235.0658
53.81341.9282-0.93655.8939-0.81382.09630.0025-0.0493-0.425-0.0499-0.204-0.88670.24050.14620.15620.13820.0099-0.00870.14740.02710.142911.2157-24.172428.7539
66.8139-4.35332.49914.8271-4.70397.63910.11590.36110.0377-0.2616-0.2414-0.4925-0.1114-0.110.12020.1746-0.01940.03840.2043-0.01160.190810.4568-18.955424.6766
73.9106-0.5720.51168.37662.95793.96850.03150.09570.1767-0.2269-0.05890.0049-0.0755-0.11310.0060.1114-0.01040.00050.17810.02150.10960.3254-15.965124.8276
85.8030.9542-0.0422.6507-0.13683.06340.00470.08210.1122-0.0228-0.0314-0.03250.17860.1582-0.00520.1260.023-0.00670.11370.01550.065611.4988-19.22731.7064
93.1465-1.26490.69126.88160.76821.81420.15010.0332-0.3071-0.3187-0.02940.25680.0749-0.1164-0.13530.1048-0.01830.0140.13710.03930.076414.047513.375943.3121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 252 through 271 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 272 through 285 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 286 through 313 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 227 through 241 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 242 through 257 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 258 through 271 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 272 through 286 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 287 through 312 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 226 through 251 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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