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Yorodumi- PDB-3kwc: Oxidized, active structure of the beta-carboxysomal gamma-Carboni... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3kwc | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Oxidized, active structure of the beta-carboxysomal gamma-Carbonic Anhydrase, CcmM | ||||||
Components | Carbon dioxide concentrating mechanism protein | ||||||
Keywords | LYASE / PROTEIN BINDING / PHOTOSYNTHESIS / left-handed beta helix / gamma carbonic anhydrase / disulfide bond dependent activity / carboxysome | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationstructural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Thermosynechococcus elongatus (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Kimber, M.S. / Castel, S.E. / Pena, K.L. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2010Title: Structural basis of the oxidative activation of the carboxysomal {gamma}-carbonic anhydrase, CcmM. Authors: Pena, K.L. / Castel, S.E. / de Araujo, C. / Espie, G.S. / Kimber, M.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 3kwc.cif.gz | 265.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3kwc.ent.gz | 213.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3kwc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3kwc_validation.pdf.gz | 495.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3kwc_full_validation.pdf.gz | 505.9 KB | Display | |
| Data in XML | 3kwc_validation.xml.gz | 52 KB | Display | |
| Data in CIF | 3kwc_validation.cif.gz | 74.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kwc | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3kwdSC ![]() 3kweC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 24822.928 Da / Num. of mol.: 6 Fragment: N-terminal, gamma-carbonic anhydrase domain (UNP residues 1-209) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: carboxysome Source: (gene. exp.) ![]() Thermosynechococcus elongatus (bacteria)Strain: BP-1 / Gene: ccmM, tll0944 / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-IPA / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.34 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 58 mg/ml protein, 20% isopropanol, 30% PEG 4000, 0.1 M Na Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
| Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 16, 2009 / Details: Osmic multi-layer optics |
| Radiation | Monochromator: Osmic multi-layer / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→17 Å / Num. all: 89407 / Num. obs: 89407 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.45 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 16.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.2 Å / Redundancy: 6.65 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 22120 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 98.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 3KWD Resolution: 2→16.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.017 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic + TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.175 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 20.409 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→16.88 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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