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- PDB-2k04: Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k04
タイトルStructure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing no sulfotyrosines
要素
  • C-X-C chemokine receptor type 4
  • Stromal cell-derived factor 1CXCL12
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / stromal cell derived factor-1 / SDF1-alpha / CXCL12 (CXCL12) / CXCR4 / chemokine (ケモカイン) / locked dimer / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Chemotaxis (走化性) / Growth factor (成長因子) / Secreted (分泌) / G-protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Host-virus interaction / Membrane (生体膜) / Receptor / Sulfation / Transducer (トランスデューサー) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / C-X-C chemokine receptor activity / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / chemokine receptor binding / myosin light chain binding / myelin maintenance / positive regulation of vasculature development / regulation of programmed cell death / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / C-C chemokine receptor activity / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of dopamine secretion / endothelial cell differentiation / C-C chemokine binding / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / cellular response to organonitrogen compound / positive regulation of chemotaxis / induction of positive chemotaxis / Formation of definitive endoderm / integrin activation / positive regulation of dendrite extension / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / cellular response to chemokine / chemokine-mediated signaling pathway / anchoring junction / 循環器 / positive regulation of monocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of calcium ion import / epithelial cell development / cell leading edge / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / small molecule binding / regulation of calcium ion transport / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of T cell migration / Binding and entry of HIV virion / animal organ regeneration / coreceptor activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of cell adhesion / Nuclear signaling by ERBB4 / cardiac muscle contraction / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / 神経発生 / cell chemotaxis / adult locomotory behavior / response to activity / ubiquitin binding / G protein-coupled receptor activity / 軸索誘導 / calcium-mediated signaling / brain development / neuron migration / growth factor activity / response to virus / defense response / response to peptide hormone / intracellular calcium ion homeostasis / 走化性 / cellular response to xenobiotic stimulus / integrin binding / late endosome / virus receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / collagen-containing extracellular matrix / Estrogen-dependent gene expression / リソソーム / response to hypoxia / エンドソーム / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / 免疫応答 / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CXC Chemokine domain / Chemokine receptor family / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like ...CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CXC Chemokine domain / Chemokine receptor family / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CXCL12 / C-X-C chemokine receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT.
データ登録者Volkman, B.F. / Veldkamp, C.T. / Peterson, F.C.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of CXCR4 sulfotyrosine recognition by the chemokine SDF-1/CXCL12
著者: Veldkamp, C.T. / Seibert, C. / Peterson, F.C. / De la Cruz, N.B. / Haugner, J.C. / Basnet, H. / Sakmar, T.P. / Volkman, B.F.
履歴
登録2008年1月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_related.db_name
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromal cell-derived factor 1
B: C-X-C chemokine receptor type 4
C: Stromal cell-derived factor 1
D: C-X-C chemokine receptor type 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4154
ポリマ－25,4154
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area8690 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area12430 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Stromal cell-derived factor 1 / CXCL12 / SDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Pre-B cell growth-stimulating factor / PBSF / hIRH


分子量: 8188.760 Da / 分子数: 2 / 断片: SDF-1-alpha(3-67) domain / 変異: L36C,A65C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1, SDF1A, SDF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SD13009[pREP4] / 参照: UniProt: P48061
#2: タンパク質・ペプチド C-X-C chemokine receptor type 4 / CXC-R4 / CXCR-4 / Stromal cell- derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor / Fusin / Leukocyte- ...CXC-R4 / CXCR-4 / Stromal cell- derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor / Fusin / Leukocyte-derived seven transmembrane domain receptor / LESTR / LCR1 / FB22 / NPYRL / HM89 / CD184 antigen


分子量: 4518.772 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminus, residues 1-38 / 変異: C28A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCR4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SD13009[pREP4] / 参照: UniProt: P61073

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY (AROMATIC)
1413D 13C-F1-filtered 13C-F3-separateded NOESY
1523D 15N-separated NOESY
1623D 13C-separated NOESY
1723D 13C-separated NOESY (AROMATIC)
1823D 13C-F1-filtered 13C-F3-separateded NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1.31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .775 mM CXCR4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.625 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
.31 mMCXCL12/SDF1-alpha[U-100% 13C; U-100% 15N]1
.775 mMCXCR41
1.0 mMCXCR4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.625 mMCXCL12/SDF1-alpha2
試料状態イオン強度: 21 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.9.3SCHWIETERS,C.D.,KUSZEWSKI,J.J.,TJANDRA,N.,CLORE,G.M.精密化
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRPipe2004Delagio,F. et al.解析
XEASY1.3Eccles, C., Guntert, P., Billeter, M., Wuthrich, K.データ解析
SPSCAN1.1.0R.W. Glaserデータ解析
GARANT2.1C. Bartelsデータ解析
CYANA2.1Guntert, P.structural calculation
精密化手法: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT.
ソフトェア番号: 1
詳細: CXCL12/CXCR4 COMPLEX STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2012 NOE CONSTRAINTS ( 744 INTRA, 384 SEQUENTIAL, 238 MEDIUM, 444 LONG RANGE, 110 CXCL12 INTERMONOMER CONSTRAINTS (CXCL12 TO CXCL12), ...詳細: CXCL12/CXCR4 COMPLEX STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2012 NOE CONSTRAINTS ( 744 INTRA, 384 SEQUENTIAL, 238 MEDIUM, 444 LONG RANGE, 110 CXCL12 INTERMONOMER CONSTRAINTS (CXCL12 TO CXCL12), AND 92 INTERMOLECULAR CONSTRAINTS (CXCL12 TO CXCR4)) AND 128 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS. CONSTRAINT WERE IN ONE ASSIGNED AND VALIDATED IN ONE CXCL12/CXCR4 COMPLEX AND THEN DUPLICATED TO GENERATE A SYMMETRY RELATED CONSTRAINT IN THE SECOND COMPLEX. CONSTRAINT TOTALS LISTED ABOVE INCLUDE CONSTRAINTS FROM BOTH MONOMERS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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