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Yorodumi- PDB-4z0t: Crystal Structure of a putative oxoacyl-(acyl carrier protein) re... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z0t | ||||||
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Title | Crystal Structure of a putative oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase from Brucella ovis | ||||||
Components | Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase family / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Brucella ovis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of a putative oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase from Brucella ovis. Authors: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z0t.cif.gz | 116.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4z0t.ent.gz | 87 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z0t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3f5qS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27740.135 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 10-255 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella ovis (bacteria) / Strain: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / Gene: BOV_0452 / Plasmid: BrovA.01365.c.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A5VP18, UniProt: A0A0M3KL28*PLUS | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-BR / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: BrovA.01365.c.B1.PS02315 at 20.8mg/ml mixed 1:1 with Morpheus(B6): 10% PEG-8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MOPS/ HEPES-Na, pH 7.5, 0.03 M each sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2015 / Details: Beryllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 38065 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 16.44 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 14.66 / Num. measured all: 216173 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3F5Q Resolution: 1.5→40.105 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.72 Å2 / Biso mean: 24.8389 Å2 / Biso min: 9.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→40.105 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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