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万見
- PDB-2jrz: Solution structure of the Bright/ARID domain from the human JARID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jrz
タイトルSolution structure of the Bright/ARID domain from the human JARID1C protein.
要素Histone demethylase JARID1C
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / JARID1C / Bright/ARID domain / helical / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / histone demethylase activity / HDMs demethylate histones / rhythmic process / クロマチンリモデリング / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / histone demethylase activity / HDMs demethylate histones / rhythmic process / クロマチンリモデリング / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ARID DNA-binding domain / : / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Lysine-specific demethylase-like domain / PLU-1-like protein / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily ...ARID DNA-binding domain / : / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Lysine-specific demethylase-like domain / PLU-1-like protein / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / DNA polymerase; domain 1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific demethylase 5C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsEnsemble of 20 lowest energy NMR structures of the Bright/ARID domain from the human JARID1C ...Ensemble of 20 lowest energy NMR structures of the Bright/ARID domain from the human JARID1C protein (Smcx homolog, X chromosome).
データ登録者Koehler, C. / Bishop, S. / Dowler, E.F. / Diehl, A. / Schmieder, P. / Leidert, M. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Wiegelt, J. / Edwards, A. ...Koehler, C. / Bishop, S. / Dowler, E.F. / Diehl, A. / Schmieder, P. / Leidert, M. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Wiegelt, J. / Edwards, A. / Oschkinat, H. / Ball, L.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2008
タイトル: Backbone and sidechain 1H, 13C and 15N resonance assignments of the Bright/ARID domain from the human JARID1C (SMCX) protein.
著者: Koehler, C. / Bishop, S. / Dowler, E.F. / Schmieder, P. / Diehl, A. / Oschkinat, H. / Ball, L.J.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
Remark 999sequence Author stated that Q175 in UNP entry P41229 is not present in this protein, and the ...sequence Author stated that Q175 in UNP entry P41229 is not present in this protein, and the protein is an isoform of P41229.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone demethylase JARID1C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7491
ポリマ－13,7491
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Histone demethylase JARID1C / Jumonji/ARID domain-containing protein 1C / Protein SmcX / Protein Xe169


分子量: 13748.627 Da / 分子数: 1 / 断片: Bright, ARID domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JARID1C, DXS1272E, SMCX, XE169 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta DE3
参照: UniProt: P41229, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P41229, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Ensemble of 20 lowest energy NMR structures of the Bright/ARID domain from the human JARID1C protein (Smcx homolog, X chromosome).
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1143D CBCA(CO)NH
1243D CBCANH
1312D 1H-15N HSQC
1422D 1H-13C HSQC
1543D HNCA
1643D HN(CA)CO
1743D HBHA(CO)NH
1843D H(CCCO)NH-TOCSY
194(H)CC(CO)NH-TOCSY
11023D (H)CCH-TOCSY
11123D (H)CCH-COSY
11213D 1H-15N NOESY
11323D 1H-13C NOESY
11443D 1H-13C NOESY
11532D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] JARID1C, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] JARID1C, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 mM DTT, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 15N] JARID1C, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 mM DTT, 100% D2O100% D2O
41 mM [U-13C; U-15N] JARID1C, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMJARID1C[U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
0.02 %sodium azide1
5 mMDTT1
1 mMJARID1C[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
0.02 %sodium azide2
5 mMDTT2
1 mMJARID1C[U-100% 15N]3
50 mMsodium phosphate3
50 mMsodium chloride3
0.02 %sodium azide3
5 mMDTT3
1 mMJARID1C[U-13C; U-15N]4
50 mMsodium phosphate4
50 mMsodium chloride4
0.02 %sodium azide4
5 mMDTT4
試料状態pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 297 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6 and 3.1Bruker Biospincollection
XwinNMR2.6 and 3.1Bruker Biospin解析
Sparky3.1Goddardデータ解析
Sparky3.1Goddardpeak picking
Sparky3.1Goddardchemical shift assignment
CYANA2,0Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.14Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.14Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readreffnement in explicit water
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle estimation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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