PDB-2jga: Crystal structure of human cytosolic 5'-nucleotidase III in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jga

タイトル

Crystal structure of human cytosolic 5'-nucleotidase III in complex with phosphate and magnesium

要素

CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / PYRIMIDINE 5-PRIME- NUCLEOTIDASE 1 /

NUCLEOTIDE METABOLISM (ヌクレオチド) / PYRIMIDINE 5-PRIME NUCLEOTIDASE DEFICIENCY / URIDINE 5-PRIME MONOPHOSPHATE HYDROLASE 1 /

CYTOSOLIC III (細胞質基質) / DISEASE MUTATION / NUCLEOTIDE-BINDING / P5N1 / UMPH1 / 5-PRIME /

NUCLEOTIDASE (ヌクレオチダーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA 2'-phosphotransferase activity / pyrimidine nucleoside metabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase /

Pyrimidine catabolism / XMP 5'-nucleosidase activity /

5'-ヌクレオチダーゼ /

5'-nucleotidase activity / nucleotide metabolic process / defense response to virus /

nuclear body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Wallden, K. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase II: Insights Into Allosteric Regulation and Substrate Recognition.
著者: Wallden, K. / Stenmark, P. / Nyman, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Loppnau, P. / Bianchi, V. / Nordlund, P.

履歴

登録	2007年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jga.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jga.ent.gz	50.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cn1SC 2j2cC 2jc9C 2jcmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cn1-d 3iqi-d 6lv0-1 2vkq-d 4ho1-d 5tc4-d 1eh3-d 1t24-d 1gzo-d 3mvh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III

ヘテロ分子

33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.459, 101.036, 77.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III / CN-III / PYRIMIDINE 5'-NUCLEOTIDASE 1 / P5'N-1 / P5N-1 / PN-I / URIDINE 5'-MONOPHOSPHATE HYDROLASE 1 / P36 分子量: 33227.035 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 14-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H0P0, 5'-ヌクレオチダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	ISOFORM 2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	詳細: 24% PEG1500 AND 20% GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9196
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→77.15 Å / Num. obs: 7057 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0021	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CN1

2cn1

解像度: 3.01→50.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 37.473 / SU ML: 0.339 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.472 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	335	4.8 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.185	6706	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.01→50.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2190	0	6	15	2211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.974	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.929	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.732	25.421	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.569	15	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.697	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.146	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.448	1.5	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.797	2	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.29	3	937
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.17	4.5	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.01→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.383	27
R_work	0.199	469

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.9918	3.0487	-3.5046	9.2083	-6.4648	4.7458	0.5696	-0.5691	-0.0225	1.7609	-0.0961	-0.0651	-0.2449	0.6838	-0.4735	0.0427	0.0359	-0.0074	0.1818	-0.0825	0.0432	23.6997	7.1577	38.1212
2	1.8011	0.1256	-1.1224	1.5934	-0.2795	2.7361	0.0421	0.2706	0.2015	-0.3829	0.0358	0.0972	-0.0979	-0.0285	-0.0779	0.1522	0.0692	-0.0844	0.171	-0.0215	0.1566	31.529	12.0403	10.8581
3	0.1859	-0.3784	-1.6386	9.2939	2.2273	14.5884	0.1331	0.3607	-0.0834	-0.5382	0.4062	-0.3271	-0.3623	1.6368	-0.5393	-0.0617	0.0964	0.0949	0.3465	0.0944	0.2804	38.6956	26.143	-1.5286
4	1.5418	0.1737	0.3656	4.6263	1.8118	4.5688	0.0294	0.1868	0.5265	0.2078	0.2016	0.5201	-0.1814	-0.0242	-0.2309	0.1105	0.0789	0.0529	0.0582	0.119	0.2538	30.18	27.8704	6.7653
5	4.7705	0.8022	-2.2349	1.9942	-0.5777	8.8639	-0.0762	0.1313	-0.42	-0.4366	0.0772	-0.0218	0.9793	-0.0704	-0.001	0.1978	0.0255	-0.0531	-0.0473	-0.0914	0.1497	27.1345	2.4528	12.3072
6	0.286	0.6253	-0.796	5.0778	-2.1874	2.2696	-0.058	0.7088	0.1756	-0.475	0.189	0.2522	0.3862	-0.7188	-0.131	0.0882	0.0004	-0.1837	0.2145	0.0134	0.1726	19.3961	11.682	7.5043
7	7.4845	2.9251	4.4844	5.8131	-1.0034	7.6999	-0.2675	0.2068	0.9228	-0.0062	0.1103	0.8794	0.097	-0.7628	0.1572	-0.0133	0.1368	-0.058	0.0662	0.1485	0.2419	20.1996	24.6932	5.8479
8	5.1161	1.3055	-2.0863	4.1115	-1.9654	3.7496	0.3738	0.1097	0.6222	0.3846	0.0783	0.8845	-0.3722	-0.5956	-0.452	0.0705	0.0776	0.0545	0.0579	-0.0412	0.2553	16.9746	18.0716	23.7997
9	10.6553	2.2677	-2.9524	3.7993	-1.3478	1.7232	0.601	-0.5117	0.4863	0.5001	-0.3591	-0.0918	-0.4618	0.2298	-0.2419	0.1376	-0.0029	0.0016	0.11	-0.0622	-0.0436	34.6053	17.9619	27.4671
10	6.5034	2.742	-2.2564	2.0679	-2.2341	3.0271	-0.1963	-0.2325	-0.7294	0.0525	-0.1571	-0.3773	0.3021	0.2737	0.3534	0.1134	0.0479	-0.0547	0.1063	-0.0379	0.1147	30.6199	5.5969	26.7956

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	81 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	122 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	146 - 188
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	189 - 199
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	200 - 242
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	243 - 264
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	265 - 286

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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