PDB-2jcm: Crystal structure of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase II in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jcm

タイトル

Crystal structure of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase II in complex with beryllium trifluoride

要素

CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE

キーワード

HYDROLASE / CYTOSOLIC 5-PRIME NUCLEOTIDASE II / GMP-IMP SPECIFIC NUCLEOTIDASE / CN-II / NT5C2 / CYTOSOLIC PURINE 5-PRIME NUCLEOTIDASE / ALLOSTERIC ENZYME / HIGH KM 5-PRIME NUCLEOTIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / GMP metabolic process / : / Abacavir metabolism / dGMP metabolic process / negative regulation of defense response to virus by host / dGMP catabolic process / adenosine metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Wallden, K. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Human Cytosolic 5'- Nucleotidase II: Insights Into Allosteric Regulation and Substrate Recognition
著者: Wallden, K. / Stenmark, P. / Nyman, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Loppnau, P. / Bianchi, V. / Nordlund, P.

履歴

登録	2006年12月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jcm.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jcm.ent.gz	89.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jcm_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jcm_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	2jcm_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	2jcm_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/2jcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/2jcm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cn1C 2j2cSC 2jc9C 2jgaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h4b-2 2j2c-1 2v5z-d 2vrm-d 2c67-d 1oja-d 2v60-d 2c75-d 1gos-d 1ojd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE

ヘテロ分子

64.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE

ヘテロ分子

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.480, 128.260, 131.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE / 5'-NUCLEOTIDASE CYTOSOLIC II / CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE II 分子量: 64153.930 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-536 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: P28A-LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE) / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.13 %
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 1.8 M MAGNESIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93926
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月8日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 41406 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 7.14
反射シェル	解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0021	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J2C

2j2c

解像度: 2.15→20.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 11.496 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	2089	5 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.213	39316	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→20.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3812	0	12	260	4084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.759	2.002	5336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.557	5	471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.187	21.429	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.654	15	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.755	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.916	1.5	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.449	2	3772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.385	3	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.526	4.5	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.309	147
R_work	0.258	2911

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3219	-2.2241	-1.0776	4.2642	1.3385	0.9486	-0.0371	-0.0826	-0.5941	0.211	0.0999	0.1031	0.3925	-0.2252	-0.0628	0.2114	0.0229	-0.0315	-0.0052	0.0684	-0.0433	8.5335	20.5179	26.1685
2	0.7561	-0.2164	0.0264	0.24	0.0675	0.1883	-0.0183	-0.0292	-0.0015	0.0413	0.0076	0.0057	0.0636	-0.0196	0.0107	0.1265	0.001	0.0141	0.0529	0.0154	-0.0624	-6.3387	41.6898	21.0892
3	0.5025	-0.7454	-0.0792	1.3404	0.576	0.9079	-0.0524	0.0328	0.0266	0.0014	-0.0367	0.0851	0.0615	-0.0907	0.0892	0.0944	-0.0235	0.0168	0.0498	0.0182	-0.0446	-18.956	46.7221	14.7417
4	6.1976	-2.129	2.6646	1.3437	-1.0392	1.1707	-0.1293	0.1319	0.3112	0.0627	-0.0156	-0.1047	-0.1105	0.1135	0.1448	0.1466	-0.0003	0.0253	0.0268	-0.0095	-0.0311	-12.7085	56.9519	22.5171
5	1.7762	-0.4116	0.3818	0.3733	-0.0955	0.337	-0.0097	-0.1469	0.0342	0.0526	-0.0307	-0.0824	-0.0043	0.0189	0.0404	0.1263	0.0184	-0.0264	0.0546	0.0235	-0.0635	14.6541	40.2317	31.0464
6	1.2148	0.7502	-0.4377	2.3436	0.3799	0.9831	-0.031	-0.0906	0.0018	-0.0329	0.0434	-0.1923	-0.0567	-0.0056	-0.0123	0.1358	0.0012	-0.0481	0.0138	0.0334	-0.0436	18.9079	55.3537	21.0985
7	1.342	0.1511	0.0732	0.1596	0.2191	0.3158	-0.0067	0.0556	-0.1305	0.0692	-0.0181	-0.0147	-0.0028	0.0506	0.0248	0.1431	0.0351	-0.002	0.0558	0.0147	-0.0517	7.3075	36.2041	13.7474
8	3.8685	-6.3145	0.3772	20.3789	11.0401	13.5255	1.3542	0.5475	0.1098	-1.0002	-1.4007	1.1793	1.2165	-1.4264	0.0465	0.2507	-0.0016	0.028	0.1798	0.0276	0.2184	-19.3463	18.4824	6.0138
9	0.9626	-0.6085	-0.2607	0.3981	0.2547	0.6688	-0.0381	0.1333	-0.0941	0.0935	-0.0187	0.0615	0.1287	0.001	0.0569	0.1638	-0.022	0.0156	0.013	0.0078	-0.0419	-1.8268	29.2635	14.0323
10	1.4711	1.5222	3.1441	1.5752	3.2534	6.7198	0.3592	0.3348	-0.165	0.0668	-0.0825	-0.092	1.2782	0.6382	-0.2767	0.2386	0.0658	-0.0253	0.0383	0.0301	-0.0198	7.0195	23.1708	-2.3429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	126 - 186
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	187 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	213 - 289
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	290 - 331
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	332 - 388
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	389 - 424
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	425 - 475
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	476 - 488

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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