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万見
- PDB-2j8l: FXI Apple 4 domain loop-out conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j8l
タイトルFXI Apple 4 domain loop-out conformation
要素COAGULATION FACTOR XI第XI因子
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PROTEASE (プロテアーゼ) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / POLYMORPHISM / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / HEPARIN-BINDING / DISEASE MUTATION / FXI / BLOOD COAGULATION / PAN DOMAIN /APPLE DOMAIN / BLOOD COAGULATION / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング)
機能・相同性
機能・相同性情報


第XI因子 / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / 凝固・線溶系 / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...第XI因子 / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / 凝固・線溶系 / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
肝細胞増殖因子 / 肝細胞増殖因子 / Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site ...肝細胞増殖因子 / 肝細胞増殖因子 / Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / CNS
データ登録者Samuel, D. / Cheng, H. / Riley, P.W. / Canutescu, A.A. / Bu, Z. / Walsh, P.N. / Roder, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Solution Structure of the A4 Domain of Factor Xi Sheds Light on the Mechanism of Zymogen Activation.
著者: Samuel, D. / Cheng, H. / Riley, P.W. / Canutescu, A.A. / Nagaswami, C. / Weisel, J.W. / Bu, Z. / Walsh, P.N. / Roder, H.
履歴
登録2006年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULATION FACTOR XI
B: COAGULATION FACTOR XI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9172
ポリマ－19,9172
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 1NO RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 COAGULATION FACTOR XI / 第XI因子 / PLASMA THROMBOPLASTIN ANTECEDENT / PTA / FXI / FACTOR XI


分子量: 9958.274 Da / 分子数: 2 / 断片: APPLE 4 DOMAIN, RESIDUES 290-379 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P03951, 第XI因子

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131HNHA
141CBCANH
151CBCA(CO)NH
NMR実験の詳細Text: SIDE-CHAIN ASSIGNMENTS WERE OBTAINED FROM 3D-15N TOCSY-HSQC AND 3D-HCCH-TOCSY . DISTANCE RESTRAINTS WERE OBTAINED FROM CROSS-PEAK VOLUMES IN 3D 15N NOESY-HSQC , 3D- 13C-EDITED NOESY AND HOMONUCLEAR NOESY

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態pH: 6.2 / 温度: 310.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: CNS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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