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万見
- PDB-2iny: Nanoporous Crystals of Chicken Embryo Lethal Orphan (CELO) Adenov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iny
タイトルNanoporous Crystals of Chicken Embryo Lethal Orphan (CELO) Adenovirus Major Coat Protein, Hexon
要素Hexon protein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / AVIAN ADENOVIRUS / CELO / MAJOR COAT PROTEIN / HEXON / CRYSTAL PACKING (結晶構造) / NANOTECHNOLOGY (ナノテクノロジー) / VIRAL JELLY ROLL
機能・相同性
機能・相同性情報


T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
: / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Fowl adenovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Xu, L. / Benson, S.D. / Burnett, R.M.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Nanoporous crystals of chicken embryo lethal orphan (CELO) adenovirus major coat protein, hexon.
著者: Xu, L. / Benson, S.D. / Burnett, R.M.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 2003
タイトル: Structural and Phylogenetic Analysis of Adenovirus Hexons by Use of High-Resolution X-Ray Crystallographic, Molecular Modeling, and Sequence-Based Methods
著者: Rux, J.J. / Kuser, P.R. / Burnett, R.M.
#2: ジャーナル: Mol.Ther. / 年: 2000
タイトル: Type-Specific Epitope Locations Revealed by X-Ray Crystallographic Study of Adenovirus Type 5 Hexon
著者: Rux, J.J. / Burnett, R.M.
#3: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Capsid-Like Arrays in Crystals of Chimpanzee Adenovirus Hexon
著者: Xue, F. / Burnett, R.M.
#4: ジャーナル: Virology / 年: 1971
タイトル: Purification and Properties of Chick Embryo Lethal Orphan Virus (an Avian Adenovirus)
著者: Laver, W.G. / Younghusband, H.B. / Wrigley, N.G.
#5: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1996
タイトル: The Complete DNA Sequence and Genomic Organization of the Avian Adenovirus CELO
著者: Chiocca, S. / Kurzbauer, R. / Schaffner, G. / Baker, A. / Mautner, V. / Cotten, M.
#6: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1999
タイトル: Mutational Analysis of the Avian Adenovirus CELO, which Provides a Basis for Gene Delivery Vectors
著者: Michou, A.I. / Lehrmann, H. / Saltik, M. / Cotten, M.
#7: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1993
タイトル: Chicken Adenovirus (CELO Virus) Particles Augment Receptor-Mediated DNA Delivery to Mammalian Cells and Yield Exceptional Levels of Stable Transformants
著者: Cotten, M. / Wagner, E. / Zatloukal, K. / Birnstiel, M.L.
#8: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1996
タイトル: Analysis of 15 Adenovirus Hexon Proteins Reveals the Location and Structure of Seven Hypervariable Regions Containing Serotype-Specific Residues
著者: Crawford-Miksza, L. / Schnurr, D.P.
履歴
登録2006年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexon protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7961
ポリマ－106,7961
非ポリマー00
水0
1
A: Hexon protein

A: Hexon protein

A: Hexon protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,3873
ポリマ－320,3873
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area46140 Å2
ΔGint-285 kcal/mol
Surface area103490 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.770, 157.770, 114.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細The biological assembly is a trimer generated from the monmer in the asymmetric unit by the operators: -y, x-y+1, z and -x+y-1, -x, z

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要素

#1: タンパク質 Hexon protein / / Late protein 2


分子量: 106795.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fowl adenovirus 1 (ウイルス) / 属: Aviadenovirus / 生物種: Fowl adenovirus A / 株: Phelps Strain / 参照: UniProt: P42671

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7% iso-propanol, 13% PEG 4000, 0.01 M glycine, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. all: 15294 / Num. obs: 14636 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.205 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.9→3.97 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 712 / Rsym value: 0.478 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1P30

1p30


解像度: 3.9→47.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 154406.875 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was determined by molecular replacement using a model based on a threading of the CELO hexon sequence onto the human adenovirus type 5 hexon structure (1P30) using the program ...詳細: The structure was determined by molecular replacement using a model based on a threading of the CELO hexon sequence onto the human adenovirus type 5 hexon structure (1P30) using the program JACKAL; The residues that are consistent with the electron density are defined with an occupancy of 1, the areas that are disordered are designated with an occupancy of 0.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.416 710 5 %RANDOM
Rwork0.372 ---
obs-14124 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 110.542 Å2 / ksol: 0.076 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 2.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.44 Å2-2.75 Å20 Å2
2--2.44 Å20 Å2
3----4.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.94 Å0.59 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.19 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7523 0 0 0 7523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 100 4.4 %
Rwork0.314 2158 -
obs-2258 89.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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