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万見
- PDB-1p30: Refinement of Adenovirus Type 5 Hexon with CNS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p30
タイトルRefinement of Adenovirus Type 5 Hexon with CNS
要素Hexon protein
キーワードVIRAL PROTEIN / ADENOVIRUS / TYPE 5 / HEXON / VIRUS / JELLYROLL / COAT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral capsid / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Hexon Major Viral Coat Protein; domain 3 / Hexon Major Viral Coat Protein, domain 3 / Hexon Major Viral Coat Protein; domain 2 / Hexon Major Viral Coat Protein, domain 2 / Adenovirus Type 2 Hexon; domain 1 / Adenovirus Type 2 Hexon, domain 1 / Adenovirus Type 2 Hexon, domain 4 / Adenovirus Type 2 Hexon; domain 4 / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal ...Hexon Major Viral Coat Protein; domain 3 / Hexon Major Viral Coat Protein, domain 3 / Hexon Major Viral Coat Protein; domain 2 / Hexon Major Viral Coat Protein, domain 2 / Adenovirus Type 2 Hexon; domain 1 / Adenovirus Type 2 Hexon, domain 1 / Adenovirus Type 2 Hexon, domain 4 / Adenovirus Type 2 Hexon; domain 4 / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Beta Complex / Distorted Sandwich / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rux, J.J. / Kuser, P.R. / Burnett, R.M.
引用
ジャーナル: J.VIROL. / 年: 2003
タイトル: Structural and phylogenetic analysis of adenovirus hexons by use of high-resolution x-ray crystallographic, molecular modeling, and sequence-based methods
著者: Rux, J.J. / Kuser, P.R. / Burnett, R.M.
#1: ジャーナル: MOL.THER. / 年: 2000
タイトル: Type-specific epitope locations revealed by X-ray crystallographic study of adenovirus type 5 hexon.
著者: Rux, J.J. / Burnett, R.M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The refined crystal structure of hexon, the major coat protein of adenovirus type 2, at 2.9 A resolution.
著者: Athappilly, F.K. / Murali, R. / Rux, J.J. / Cai, Z. / Burnett, R.M.
#3: ジャーナル: ADENOVIRUS METHODS AND PROTOCOLS (IN: METHODS IN MOLECULAR MEDICINE, V.21)
年: 1999
タイトル: Large-scale purification and crystallization of adenovirus hexon
著者: Rux, J.J. / Pascolini, D. / Burnett, R.M.
履歴
登録2003年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年11月11日ID: 1RUX
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THE PROTEIN IS ACETYLATED AT THE N-TERMINUS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexon protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9761
ポリマ－107,9761
非ポリマー00
水5,477304
1
A: Hexon protein

A: Hexon protein

A: Hexon protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,9293
ポリマ－323,9293
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area48550 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area83690 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)150.700, 150.700, 150.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
詳細The biological assembly is a trimer generated by the operations z, x, y and y, z, x.

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要素

#1: タンパク質 Hexon protein / Late protein 2


分子量: 107976.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus C / 参照: UniProt: P04133
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.2
詳細: 0.5 SODIUM CITRATE , pH 3.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Rux, J.J., (2000) MOL.THER., 1, 18.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: double-mirror focusing system (Supper)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 39599 / Num. obs: 36549 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 87.6
反射
*PLUS
Num. all: 39573 / % possible obs: 92 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
XDSデータスケーリング
CNS0.9位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RUX

1rux
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1823 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
all0.158 39599 --
obs0.158 36549 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4543 Å2 / ksol: 0.328156 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7000 0 0 304 7304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 224 4.8 %
Rwork0.226 4478 -
obs-4702 71.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.309
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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