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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hvi | |||||||||
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タイトル | ddCTP:G pair in the polymerase active site (0 position) | |||||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/DNA / DNA Polymerase I / DNA replication (DNA複製) / Klenow Fragment (クレノウ断片) / Protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / closed conformation / Transferase-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Warren, J.J. / Forsberg, L.J. / Beese, L.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: The structural basis for the mutagenicity of O6-methyl-guanine lesions. 著者: Warren, J.J. / Forsberg, L.J. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE DNA POLYMERASE GENE WAS CLONED FROM AN ORGANISM THAT WAS CLASSIFIED AS A THERMOSTABLE ...SEQUENCE THE DNA POLYMERASE GENE WAS CLONED FROM AN ORGANISM THAT WAS CLASSIFIED AS A THERMOSTABLE STRAIN OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS BY RIBOSOMAL RNA SEQUENCING. HOWEVER, THIS PARTICULAR GENE HAS MUCH GREATER HOMOLOGY WITH THE ANALOGOUS GENE FROM GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS, UNP ACCESSION, Q5KWC1_GEOKA. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hvi.cif.gz | 285.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hvi.ent.gz | 222.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hvi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/2hvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/2hvi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2hhqC 2hhsC 2hhtC 2hhuC 2hhvC 2hhwC 2hhxC 2hvhC 2hw3C 1lv5S 2hhy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains two complete biological assemblies, each with a DNA polymerase molecule, a primer and template DNA, and an incoming ddCTP+Mg. |
-要素
-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#1: DNA鎖 | 分子量: 2675.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA primer strand #2: DNA鎖 | 分子量: 4016.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template strand |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AD
#3: タンパク質 | 分子量: 66202.945 Da / 分子数: 2 Fragment: residues 299-876 (analogous to E Coli Klenow Fragment) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: polA / プラスミド: PUC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5KWC1, DNAポリメラーゼ #4: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 658分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 50% saturated ammonium sulfate, 2.5% MPD, 10 mM MgSO4, 100 mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月9日 / 詳細: yale mirrors |
放射 | モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 93220 / Num. obs: 93220 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.084 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 8751 / Rsym value: 0.638 / Χ2: 0.941 / % possible all: 82.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1LV5 解像度: 1.98→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 48.527 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.399 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.05 Å
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Xplor file |
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