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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hl3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the A49M mutant CAP-Gly domain of human Dynactin-1 (p150-Glued) in complex with human EB1 C-terminal hexapeptide | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / microtubule binding (微小管) / dynactin (ダイナクチン) / cytoskeleton associated protein / p150Glued / EB1 / +TIP protein Complex structure / EEY/F-COO- sequence motif / CLIP-170 / alpha-tubulin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of neuromuscular junction development / centriolar subdistal appendage / cell cortex region / protein localization to astral microtubule / cortical microtubule cytoskeleton / centriole-centriole cohesion / mitotic spindle astral microtubule end / ventral spinal cord development / microtubule anchoring at centrosome / maintenance of synapse structure ...positive regulation of neuromuscular junction development / centriolar subdistal appendage / cell cortex region / protein localization to astral microtubule / cortical microtubule cytoskeleton / centriole-centriole cohesion / mitotic spindle astral microtubule end / ventral spinal cord development / microtubule anchoring at centrosome / maintenance of synapse structure / melanosome transport / protein localization to microtubule / nuclear membrane disassembly / microtubule plus-end / positive regulation of microtubule nucleation / cell projection membrane / XBP1(S) activates chaperone genes / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule plus-end binding / non-motile cilium assembly / microtubule bundle formation / retrograde transport, endosome to Golgi / nuclear migration / protein localization to centrosome / microtubule associated complex / motor behavior / 微小管形成中心 / neuromuscular process / negative regulation of microtubule polymerization / neuromuscular junction development / 細胞結合 / mitotic spindle pole / 微小管 / cell leading edge / establishment of mitotic spindle orientation / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / spindle assembly / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle midzone / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / Mitotic Prometaphase / regulation of mitotic spindle organization / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of microtubule polymerization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MHC class II antigen presentation / neuron projection maintenance / 中心小体 / tubulin binding / AURKA Activation by TPX2 / ciliary basal body / RHO GTPases Activate Formins / tau protein binding / protein localization / 紡錘体 / spindle / 動原体 / 紡錘体 / neuron cellular homeostasis / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / 遊走 / mitotic cell cycle / 核膜 / nervous system development / 細胞皮質 / microtubule binding / 微小管 / molecular adaptor activity / neuron projection / cadherin binding / 細胞分裂 / 神経繊維 / focal adhesion / 中心体 / neuronal cell body / protein kinase binding / ゴルジ体 / RNA binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Honnappa, S. / Winkler, F.K. / Steinmetz, M.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006 タイトル: Key interaction modes of dynamic +TIP networks. 著者: Honnappa, S. / Okhrimenko, O. / Jaussi, R. / Jawhari, H. / Jelesarov, I. / Winkler, F.K. / Steinmetz, M.O. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). IN THE CRYSTAL STRUCTURE, THE BIOLOGICAL UNIT IS COMPRISED OF CHAINS A, B AND C. HOWEVER, THE ACTIVE BIOLOGICAL UNIT IS A COMPLEX OF CHAINS A AND C. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hl3.cif.gz | 43.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hl3.ent.gz | 30.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hl3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/2hl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/2hl3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10369.531 Da / 分子数: 2 / 断片: CAP-Gly domain / 変異: A49M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCTN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14203 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 825.773 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal hexapeptide / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human). 参照: UniProt: Q15691 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.05M Sodium Citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月8日 / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→42.33 Å / Num. all: 10303 / Num. obs: 10303 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.085 Å / % possible all: 92.17 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→42.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.683 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.088 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→42.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.03→2.085 Å / Total num. of bins used: 20
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