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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hh5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cathepsin S in complex with a Zinc mediated non-covalent arylaminoethyl amide | ||||||
要素 | Cathepsin S | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Cathepsin S / noncovalent / inhibition (酵素阻害剤) / zinc (亜鉛) / arylaminoethyl-amides | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures ...cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Toll様受容体 / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / fibronectin binding / antigen processing and presentation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / laminin binding / phagocytic vesicle / positive regulation of apoptotic signaling pathway / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosomal lumen / Endosomal/Vacuolar pathway / protein processing / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / tertiary granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / ficolin-1-rich granule lumen / 獲得免疫系 / リソソーム / 免疫応答 / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Spraggon, G. / Hornsby, M. / Lesley, S.A. / Tully, D.C. / Harris, J.L. / Karenewsky, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006 タイトル: Synthesis and SAR of arylaminoethyl amides as noncovalent inhibitors of cathepsin S: P3 cyclic ethers. 著者: Tully, D.C. / Liu, H. / Chatterjee, A.K. / Alper, P.B. / Epple, R. / Williams, J.A. / Roberts, M.J. / Woodmansee, D.H. / Masick, B.T. / Tumanut, C. / Li, J. / Spraggon, G. / Hornsby, M. / ...著者: Tully, D.C. / Liu, H. / Chatterjee, A.K. / Alper, P.B. / Epple, R. / Williams, J.A. / Roberts, M.J. / Woodmansee, D.H. / Masick, B.T. / Tumanut, C. / Li, J. / Spraggon, G. / Hornsby, M. / Chang, J. / Tuntland, T. / Hollenbeck, T. / Gordon, P. / Harris, J.L. / Karanewsky, D.S. #1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006 タイトル: Synthesis and evaluation of arylaminoethyl amides as noncovalent inhibitors of cathepsin S. Part 3: heterocyclic P3. 著者: Tully, D.C. / Liu, H. / Alper, P.B. / Chatterjee, A.K. / Epple, R. / Roberts, M.J. / Williams, J.A. / Nguyen, K.T. / Woodmansee, D.H. / Tumanut, C. / Li, J. / Spraggon, G. / Chang, J. / ...著者: Tully, D.C. / Liu, H. / Alper, P.B. / Chatterjee, A.K. / Epple, R. / Roberts, M.J. / Williams, J.A. / Nguyen, K.T. / Woodmansee, D.H. / Tumanut, C. / Li, J. / Spraggon, G. / Chang, J. / Tuntland, T. / Harris, J.L. / Karanewsky, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hh5.cif.gz | 108.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hh5.ent.gz | 81.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hh5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/2hh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/2hh5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a monomer - there are two monomers in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24391.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSS 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P25774, cathepsin S #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M ZnAcetate, 20% PEG-3350, 150mM Sodium Chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→34.2 Å / Num. all: 38549 / Num. obs: 38549 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 4514 / Rsym value: 0.763 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2F1G 解像度: 1.8→34.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.355 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.905 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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