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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h0l | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Mutant of Rat Annexin A5 | ||||||
要素 | Annexin A5アネキシンV | ||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / CALCIUM (カルシウム) / PHOSPHOLIPID MEMBRANE BINDING PROTEINS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of prolactin secretion / cellular response to gonadotropin-releasing hormone / regulation of flagellated sperm motility / Platelet degranulation / endothelial microparticle / cellular response to lead ion / P-type calcium transporter activity / negative regulation of blood coagulation / response to thyroid hormone / calcium-dependent phospholipid binding ...negative regulation of prolactin secretion / cellular response to gonadotropin-releasing hormone / regulation of flagellated sperm motility / Platelet degranulation / endothelial microparticle / cellular response to lead ion / P-type calcium transporter activity / negative regulation of blood coagulation / response to thyroid hormone / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / peptide hormone binding / 介在板 / axon terminus / response to organic substance / cell projection / 筋鞘 / synaptic vesicle membrane / receptor tyrosine kinase binding / Z disc / response to calcium ion / 凝固・線溶系 / シナプス小胞 / perikaryon / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / 樹状突起 / neuronal cell body / calcium ion binding / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å | ||||||
データ登録者 | Langlois D'Estaintot, B. / Gallois, B. / Granier, T. / Tessier, B. / Brisson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Identification of the Residues Involved in the Formation of Annexin V Trimers within 2D and 3D Crystals 著者: Brisson, A. / Granier, T. / Langlois D'Estaintot, B. / Gallois, B. / Tessier, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h0l.cif.gz | 77 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h0l.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h0l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1a8aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35584.848 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Anxa5 / プラスミド: PET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14668 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, 300MM SODIUM ACETATA, 100MM TRIS, 3MM SODIUM AZIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→32.76 Å / Num. all: 10858 / Num. obs: 10858 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A8A 解像度: 2.59→32.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 25.918 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.133 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→32.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.59→2.65 Å / Total num. of bins used: 20
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