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- PDB-2gse: Crystal Structure of Human Dihydropyrimidinease-like 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gse
タイトルCrystal Structure of Human Dihydropyrimidinease-like 2
要素Dihydropyrimidinase-related protein 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta barrel / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / Dihydropyrimidinase-Related Protein 2 / DRP2 / Collapsin Response Mediator Protein 2 / CRMP2 (CRMPファミリー)
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / エンドサイトーシス / nervous system development / 細胞分化 / 細胞骨格 ...dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / エンドサイトーシス / nervous system development / 細胞分化 / 細胞骨格 / シグナル伝達 / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIMバレル ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydropyrimidinase-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ogg, D. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Ogg, D. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hallberg, B.M. / Hammarstrom, M. / Kotenyova, T. / Kursula, P. / Nilsson-Ehle, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Holmberg-Schiavone, L. / Thorsell, A.G. / Uppenberg, J. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Neurochem. / 年: 2007
タイトル: The structure of human collapsin response mediator protein 2, a regulator of axonal growth.
著者: Stenmark, P. / Ogg, D. / Flodin, S. / Flores, A. / Kotenyova, T. / Nyman, T. / Nordlund, P. / Kursula, P.
履歴
登録2006年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropyrimidinase-related protein 2
B: Dihydropyrimidinase-related protein 2
C: Dihydropyrimidinase-related protein 2
D: Dihydropyrimidinase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,5488
ポリマ－220,3884
非ポリマー1604
水15,295849
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area60220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.400, 126.100, 102.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 17 - 485 / Label seq-ID: 28 - 496

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細The biological assemby is a tetramer

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要素

#1: タンパク質
Dihydropyrimidinase-related protein 2 / DRP-2 / Collapsin response mediator protein 2 / CRMP-2 / N2A3


分子量: 55096.969 Da / 分子数: 4 / 断片: Dihydropyrimidinase-like 2 (13-490) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPYSL2 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q16555, dihydropyrimidinase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% PEG 10k, 0.1M Tris, 0.2M CaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 79391 / Num. obs: 79142 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.6 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / Num. unique all: 16757 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ProDCデータ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 8.776 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.448 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 3960 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.173 75230 99.96 %-
all-79190 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.02 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14638 0 4 849 15491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02214938
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.9520270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98324423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.57251897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66224.764657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.135152526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8921576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.22289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.23178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.210593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.27148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.27846
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2913
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0120.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1670.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2170.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6961.59790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1281.53866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.153215258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69735966
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5864.55012
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6059 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.35
2Bloose positional0.315
3Cloose positional0.315
4Dloose positional0.35
1Aloose thermal1.7210
2Bloose thermal1.6510
3Cloose thermal1.7310
4Dloose thermal1.7210
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 291 -
Rwork0.216 5519 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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