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- PDB-2gdx: Solution structure of the B. brevis TycC3-PCP in H-state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gdx
タイトルSolution structure of the B. brevis TycC3-PCP in H-state
要素Tyrocidine synthetase III
キーワードligase/TRANSPORT PROTEIN / Three-helix bundle (ヘリックスバンドル) / ligase-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


amide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / organonitrogen compound biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / phosphopantetheine binding / ligase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
ACP-like / PKS_PP_betabranch / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain ...ACP-like / PKS_PP_betabranch / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrocidine synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
手法溶液NMR / Energy minimization
データ登録者Koglin, A. / Loehr, F. / Rogov, V.V. / Marahiel, M.A. / Bernhard, F. / Doetsch, V.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Conformational switches modulate protein interactions in peptide antibiotic synthetases
著者: Koglin, A. / Mofid, M.R. / Loehr, F. / Schaefer, B. / Rogov, V.V. / Blum, M.-M. / Mittag, T. / Marahiel, M.A. / Bernhard, F. / Doetsch, V.
履歴
登録2006年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrocidine synthetase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2511
ポリマ－9,2511
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tyrocidine synthetase III / Non-ribosomal peptide synthetase peptidyl carrier protein


分子量: 9250.676 Da / 分子数: 1 / 断片: Acyl carrier 3, TYCC3 THIOESTER DOMAIN / 変異: P2G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
株: ATCC8185 / 遺伝子: tycC / プラスミド: PQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10 / 参照: UniProt: O30409

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1222D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM A/H-PCP U-15N; 50mM NaPi; 1mM TCEP; 95% H2O; 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8mM A/H-PCP; 50mM NaPi; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM NaPi / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6BRUKERcollection
XwinNMR2.6BRUKER解析
Sparky3.111Goddard & Knellerデータ解析
CYANA2.1Guentert構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: Energy minimization / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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