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万見
- PDB-2g7h: Structure of an O6-Methylguanine DNA Methyltransferase from Metha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g7h
タイトルStructure of an O6-Methylguanine DNA Methyltransferase from Methanococcus jannaschii (MJ1529)
要素Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / protein structure (タンパク質構造) / DNA Repair (DNA修復) / DNA Methyltransferase (DNAメチルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / メチル化 / DNA修復 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #460 / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Double Stranded RNA Binding Domain - #460 / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics in torsion space
データ登録者Roberts, A.
引用ジャーナル: Magn.Reson.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural studies of MJ1529, an O(6)-methylguanine-DNA methyltransferase
著者: Roberts, A. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2006年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4611
ポリマ－19,4611
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O- methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA- alkyltransferase


分子量: 19460.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: ogt / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pACYC
参照: UniProt: Q58924, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
121HNHA
2324D 13C Separated NOESY
2424D 13C/15N Separated NOESY
353D20 Exchange
4643d 13C Separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM Mj1529, U-15N95% H2O/5% D2O
20.8 mM MJ1529, U-15N, U-13C95% H2O/5% D2O
30.8 mM MJ1529100% D2O
40.8 mM MJ1529, U-13C94% H20, 5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM sodium phosphate, 500 mM NaCl 6.2 ambient 303 K
250 mM sodium phosphate, 500 mM NaCl 6.2 ambient 303 K
350 mM sodium phosphate, 500 mM NaCl 6.2 ambient 303 K
450 mM sodium phosphate, 500 mM NaCl 6.2 ambient 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger構造決定
NMRPipe1Bax解析
NMRView5.0.4Johnsonデータ解析
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics in torsion space
ソフトェア番号: 1
詳細: 150 structures calculated, lowest energy refined with residual dipolar couplings (50 total calculated, taking 10 lowest energy)
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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