PDB-2fjg: Structure of the G6 Fab, a phage derived Fab fragment, in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fjg

タイトル

Structure of the G6 Fab, a phage derived Fab fragment, in complex with VEGF

要素

Fab heavy chainFragment antigen-binding
Fab light chainFragment antigen-binding
Vascular endothelial growth factor A

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR/IMMUNE SYSTEM / Protein Fab Complex /

FAB /

VEGF (血管内皮細胞増殖因子) /

Cystine knot (シスチンノット) / HORMONE-GROWTH FACTOR-IMMUNE SYSTEM COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

basophil chemotaxis / cellular stress response to acid chemical /

VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis /

vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier /

vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis ...basophil chemotaxis / cellular stress response to acid chemical /

VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis /

vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier /

vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / negative regulation of adherens junction organization / post-embryonic camera-type eye development / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / positive regulation of trophoblast cell migration / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / eye photoreceptor cell development / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of cell migration by vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of protein localization to early endosome / vascular wound healing / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / tube formation / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of epithelial tube formation /

neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin /

vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of vascular permeability / surfactant homeostasis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis /

platelet-derived growth factor receptor binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis /

extracellular matrix binding / retinal ganglion cell axon guidance / cardiac muscle cell development /

血管新生 / positive regulation of positive chemotaxis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of p38MAPK cascade / artery morphogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive chemotaxis /

transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / outflow tract morphogenesis /

chemoattractant activity / activation of protein kinase activity / positive regulation of focal adhesion assembly / mesoderm development / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of cell division / macrophage differentiation /

fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / mammary gland alveolus development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus /

脈管形成 / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / positive regulation of protein autophosphorylation / epithelial cell differentiation /

授乳 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of endothelial cell proliferation /

細胞外マトリックス / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of miRNA transcription / platelet alpha granule lumen / VEGFR2 mediated cell proliferation /

分泌 /

kidney development /

cytokine activity / positive regulation of epithelial cell proliferation
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Wiesmann, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure-function studies of two synthetic anti-vascular endothelial growth factor Fabs and comparison with the Avastin Fab.
著者: Fuh, G. / Wu, P. / Liang, W.C. / Ultsch, M. / Lee, C.V. / Moffat, B. / Wiesmann, C.

履歴

登録	2006年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The Fab fragment of an antibody was derived using phage display. Therefore there is no ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fjg.cif.gz	211.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fjg.ent.gz	170.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fjg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/2fjg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/2fjg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fjfSC 2fjhC 1fltS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zff-d 1yjd-1 6r0x-d 5eu7-d 5u5g-d 2qr0-2 4jpp-d 1uus-1 6mga-1 1uur-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
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抗体 (Antibodies)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
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Rasタンパク質 (Ras Protein)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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カルモジュリン (Calmodulin)
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類似性 (1)
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
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炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
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#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

V: Vascular endothelial growth factor A

W: Vascular endothelial growth factor A

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

119 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

V: Vascular endothelial growth factor A

W: Vascular endothelial growth factor A

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

V: Vascular endothelial growth factor A

W: Vascular endothelial growth factor A

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
239 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.880, 117.880, 212.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	V
2	1	W
1	2	A
2	2	L
1	3	A
2	3	L
1	4	B
2	4	H
1	5	B
2	5	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LYS	LYS	V	A	14 - 108	7 - 101
2	1	VAL	VAL	LYS	LYS	W	B	14 - 107	7 - 100
1	2	ASP	ASP	THR	THR	A	E	1 - 109	1 - 109
2	2	ASP	ASP	THR	THR	L	C	1 - 109	1 - 109
1	3	VAL	VAL	ARG	ARG	A	E	110 - 211	110 - 211
2	3	VAL	VAL	ARG	ARG	L	C	110 - 211	110 - 211
1	4	GLU	GLU	THR	THR	B	F	1 - 123	1 - 123
2	4	GLU	GLU	THR	THR	H	D	1 - 123	1 - 123
1	5	LYS	LYS	CYS	CYS	B	F	124 - 223	124 - 223
2	5	LYS	LYS	CYS	CYS	H	D	124 - 223	124 - 223

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

詳細

Chains V and W form a VEGF homodimer. Two Fabs are bound to this VEGF dimer. One fab is composed of chains L and H, the other of chains A and B

#1: タンパク質	Vascular endothelial growth factor A / / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF 分子量: 11948.680 Da / 分子数: 2 / 断片: Receptor binding domain (residues 34-135) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pB2105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96NW5, UniProt: P15692*PLUS
#2: 抗体	Fab light chain / Fragment antigen-binding 分子量: 23287.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PW0276 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	Fab heavy chain / Fragment antigen-binding 分子量: 24130.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PW0276 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.2 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 5% Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 42803 / Num. obs: 42763 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Search model for VEGF was based on 1FLT, search model for the Fab was based on 2FJF.

1flt

2fjf

解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 12.461 / SU ML: 0.236 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.565 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23916	2152	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1987	-	-	-
all	0.21	40510	-	-
obs	0.20077	40389	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.16 Å²	-0.58 Å²	0 Å²
2-	-	-1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8031	0	35	0	8066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	8273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	1.955	11263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	16803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.797	5	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	8247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	5336
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.137	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.166	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.304	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.112	2.5	5219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.841	5	8468
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.594	2.5	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.615	5	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1439	loose positional	0.24	5
2	A	1564	loose positional	0.16	5
3	A	1479	loose positional	0.25	5
4	B	1782	loose positional	0.18	5
5	B	1323	loose positional	0.23	5
1	A	1439	loose thermal	1.81	10
2	A	1564	loose thermal	1.91	10
3	A	1479	loose thermal	2.07	10
4	B	1782	loose thermal	1.89	10
5	B	1323	loose thermal	1.98	10

LS精密化シェル

解像度: 2.801→2.857 Å / Total num. of bins used: 25 /

	R_factor	反射数
R_free	0.349	113
R_work	0.306	2325

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1812	-1.2251	-0.2852	0.4822	-0.0372	1.7102	-0.0202	-0.1358	-0.8568	-0.2468	-0.1902	-0.1283	0.1108	0.0301	0.2104	0.5267	0.1813	0.101	0.1003	0.0702	0.4452	-88.8957	133.5183	19.7218
2	3.0759	1.2483	-0.8788	3.8204	-2.3973	6.8256	-0.3066	0.4394	0.1519	0.1583	0.096	0.0068	-0.612	-0.3407	0.2106	0.4377	0.1665	-0.1039	0.1752	-0.05	0.1641	-106.3871	155.3332	-3.2935
3	3.8664	-0.4159	0.7161	1.1663	0.0564	2.8787	0.1672	0.5323	-0.168	-0.2871	-0.0645	-0.0219	0.0789	0.1522	-0.1027	0.6112	0.2863	0.2208	0.1568	0.0502	0.4556	-71.1322	139.1031	8.3136
4	2.6723	-0.8745	-0.901	5.17	-0.2369	4.3334	-0.0456	0.1333	0.2363	-0.4561	-0.2788	-0.1638	-0.1547	0.2135	0.3244	0.488	0.1318	-0.1206	0.2574	0.0314	0.2535	-92.7925	163.3704	0.6774
5	3.8149	-1.7944	1.1931	1.9611	-2.4129	4.2568	-0.2031	-0.0814	0.1744	0.4252	0.1624	-0.0829	-0.6674	-0.4663	0.0408	0.5279	0.2731	-0.0058	0.2119	-0.0203	0.1302	-25.3557	81.2539	38.3972
6	4.6687	-0.0009	-4.2165	2.3252	0.0724	7.033	-0.1581	-0.4119	-0.1014	0.308	-0.1652	-0.6032	-0.025	1.0841	0.3234	0.2474	0.1098	-0.0689	0.467	0.105	0.3701	8.2236	68.0687	32.8836
7	5.0118	-0.6418	-0.0892	2.0787	-0.4906	1.9195	-0.0423	0.0162	0.4474	-0.1019	0.0719	-0.1376	-0.1656	0.1312	-0.0296	0.4291	0.1954	0.0267	0.0893	0.004	0.2345	-24.8282	86.2436	17.1388
8	1.6167	1.2491	-1.1387	7.2197	-1.9113	3.3351	-0.0605	0.0172	-0.3376	-0.0706	-0.0408	-0.2298	0.2518	0.3384	0.1013	0.228	0.1099	0.0927	0.2378	0.0308	0.266	-0.5792	63.3632	20.2056
9	1.7411	-1.6541	0.1737	3.5561	-0.1349	0.3979	-0.0192	-0.0858	0.4036	0.5075	0.0281	-0.3956	-0.0052	-0.0316	-0.0088	0.5764	0.1912	0.0671	0.1473	0.0866	0.4647	-51.0415	115.4878	28.2927
10	1.6959	-1.4715	-0.3032	3.9418	0.5837	1.0126	0.2177	0.1344	-0.1545	0.0235	-0.3081	0.6665	0.0266	-0.1435	0.0903	0.4588	0.252	0.0852	0.2605	0.0049	0.394	-57.555	102.2724	20.1331
11	-73.5987	-37.7232	-62.865	83.6334	-100.0951	45.957	0.1899	-3.0256	-1.3708	-1.4942	3.4193	-1.4633	-3.1616	-2.36	-3.6093	0.4441	-0.047	0.0789	0.4388	-0.0945	0.4784	-40.9734	75.217	19.1467
12	-144.1312	-30.8588	41.5056	28.9539	-10.583	-14.56	-1.4079	10.0597	10.4666	-1.2001	2.3029	0.3627	-1.1286	-1.8608	-0.8949	0.4217	0.1131	0.1028	0.436	-0.007	0.4026	-66.6992	143.4093	26.8488
13	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.4207	0	0	0.4207	0	0.4207	-60.558	127.6061	8.6087
14	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.4207	0	0	0.4207	0	0.4207	-33.904	98.4958	14.2687
15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.4207	0	0	0.4207	0	0.4207	1.3682	73.4377	6.0854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	C	1 - 109	1 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	C	110 - 211	110 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	D	1 - 121	1 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	D	122 - 223	122 - 223
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	E	1 - 109	1 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	E	110 - 211	110 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	F	1 - 121	1 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	F	122 - 223	122 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	9	V	A	14 - 108	7 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	W	B	14 - 107	7 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	G - H	228 - 229
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	I - J	228 - 229
13	X-RAY DIFFRACTION	13	H	K	230
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	L	230
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	M	231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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