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- PDB-2fd3: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant P34H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fd3
タイトルCrystal Structure of Thioredoxin Mutant P34H
要素Thioredoxin 1チオレドキシン
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Alpha Beta
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol ether metabolic process / protein disulfide oxidoreductase activity / cell redox homeostasis / viral process / 細胞質基質
Thioredoxin domain / チオレドキシン / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin-like superfamily / チオレドキシン / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile.
Thioredoxin 1
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant P34H
著者: Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2005年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin 1
B: Thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4572
ポリマ-23,4572
非ポリマー00
1,63991
1
A: Thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7281
ポリマ-11,7281
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7281
ポリマ-11,7281
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)31.138, 90.041, 36.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: SER / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 108 / Label seq-ID: 1 - 108

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Thioredoxin 1 / チオレドキシン / TRX1 / TRX


分子量: 11728.420 Da / 分子数: 2 / 変異: P34H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA, fipA, tsnC / プラスミド: pTk100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: P0AA25
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / : H2O /

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー係数: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 8
詳細: 60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 8.0, Counter-diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月28日 / 詳細: Montel Optics
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→18.674 Å / Num. all: 4223 / Num. obs: 4223 / % possible obs: 61.9 % / 冗長度: 1.19 % / Biso Wilson estimate: 31.13 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 10.88
反射 シェル解像度: 2.45→2.5 Å / 冗長度: 0.61 % / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique all: 189 / Rsym value: 0.3084 / % possible all: 47.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
PROTEUM PLUS2データ削減
SAINTデータスケーリング
SADABSデータスケーリング
XPREPデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2TRX_A

解像度: 2.45→16.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 11.223 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.592 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MolProbity, Xtalview were also used for refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30495 193 4.6 %RANDOM
Rwork0.17983 ---
Obs0.18527 4013 62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.073 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å2-0.4 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→16.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1685 0 0 91 1776
拘束条件

精密化-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプDev idealDev ideal target
r_bond_refined_d0.0120.0221717
r_bond_other_d
r_angle_refined_deg1.21.9762331
r_angle_other_deg
r_dihedral_angle_1_deg5.475214
r_dihedral_angle_2_deg39.80326.75774
r_dihedral_angle_3_deg15.72215309
r_dihedral_angle_4_deg13.315152
r_chiral_restr0.0740.2272
r_gen_planes_refined0.0030.021266
r_gen_planes_other
r_nbd_refined0.1940.2790
r_nbd_other
r_nbtor_refined0.2910.21134
r_nbtor_other
r_xyhbond_nbd_refined0.1740.299
r_xyhbond_nbd_other
r_metal_ion_refined
r_metal_ion_other
r_symmetry_vdw_refined0.2150.247
r_symmetry_vdw_other
r_symmetry_hbond_refined0.2030.210
r_symmetry_hbond_other
r_symmetry_metal_ion_refined
r_symmetry_metal_ion_other
r_mcbond_it0.86721118
r_mcbond_other
r_mcangle_it1.39931736
r_scbond_it0.7422688
r_scangle_it1.1323595
r_rigid_bond_restr
r_sphericity_free
r_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / : 802 / 精密化-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.45
loose thermal1.3110
LS精密化 シェル

精密化-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.45-2.5120.575110.22822048.23
2.512-2.5790.349110.22549.79
2.579-2.6520.255140.19857.33
2.652-2.7320.293140.22866.67
2.732-2.8190.313150.20964.81
2.819-2.9150.421180.24771.679

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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