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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fd3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Thioredoxin Mutant P34H | ||||||
要素 | Thioredoxin 1 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Alpha Beta | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant P34H 著者: Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fd3.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fd3.ent.gz | 39.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fd3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2fd3_validation.pdf.gz | 425 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2fd3_full_validation.pdf.gz | 426.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2fd3_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2fd3_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/2fd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/2fd3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 108 / Label seq-ID: 1 - 108
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11728.420 Da / 分子数: 2 / 変異: P34H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA, fipA, tsnC / プラスミド: pTk100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: P0AA25 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.43 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 8 詳細: 60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 8.0, Counter-diffusion, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月28日 / 詳細: Montel Optics |
放射 | モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→18.674 Å / Num. all: 4223 / Num. obs: 4223 / % possible obs: 61.9 % / 冗長度: 1.19 % / Biso Wilson estimate: 31.13 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 10.88 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.5 Å / 冗長度: 0.61 % / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique all: 189 / Rsym value: 0.3084 / % possible all: 47.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 2TRX_A 解像度: 2.45→16.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 11.223 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.592 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MolProbity, Xtalview were also used for refinement
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.073 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→16.44 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 802 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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