モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.6→29.65 Å / Num. all: 26472 / Num. obs: 26251 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.48 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rsym value: 0.0465 / Net I/σ(I): 21.28
反射 シェル
解像度: 2.6→2.65 Å / 冗長度: 1.96 % / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique all: 1351 / Rsym value: 0.3179 / % possible all: 93.2
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
MOLREP
位相決定
REFMAC
refmac_5.2.0005
精密化
PDB_EXTRACT
1.6
データ抽出
PROTEUM PLUS
2
データ削減
SAINT
データスケーリング
SADABS
データスケーリング
XPREP
データ削減
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 2TRX_A 解像度: 2.6→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 11.143 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.154 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: Xtalview, Molprobity were also used for the refinement.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.276
1328
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.203
-
-
-
all
0.207
-
-
-
obs
-
24866
99.16 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 23.307 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-0.02 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-0.21 Å2
0 Å2
3-
-
-
0.24 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.65 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
5659
0
56
119
5834
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.011
0.022
5884
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.237
1.989
8007
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
5.723
5
738
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
40.157
26.553
235
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
15.681
15
1013
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
19.353
15
8
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.077
0.2
941
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.003
0.02
4298
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.203
0.2
2521
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
0.298
0.2
3946
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.126
0.2
217
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.207
0.2
76
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.191
0.2
3
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
1.296
2
3824
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
2.001
3
5977
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
1.13
2
2336
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
1.663
3
2030
LS精密化 シェル
Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20