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- PDB-2fch: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fch
タイトルCrystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S
要素Thioredoxin 1
キーワードELECTRON TRANSPORT / Alpha Beta
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S
著者: Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
履歴
登録2005年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow ...database_2 / exptl_crystal_grow / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin 1
B: Thioredoxin 1
C: Thioredoxin 1
D: Thioredoxin 1
E: Thioredoxin 1
F: Thioredoxin 1
G: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,84914
ポリマ－82,0227
非ポリマー8277
水2,144119
1
A: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8362
ポリマ－11,7171
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7171
ポリマ－11,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7171
ポリマ－11,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0724
ポリマ－11,7171
非ポリマー3553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9543
ポリマ－11,7171
非ポリマー2362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7171
ポリマ－11,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8362
ポリマ－11,7171
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
B: Thioredoxin 1
C: Thioredoxin 1
D: Thioredoxin 1
F: Thioredoxin 1
G: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0609
ポリマ－58,5875
非ポリマー4734
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
9
A: Thioredoxin 1
E: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7895
ポリマ－23,4352
非ポリマー3553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
10
B: Thioredoxin 1
C: Thioredoxin 1
D: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5076
ポリマ－35,1523
非ポリマー3553
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
11
F: Thioredoxin 1
G: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5533
ポリマ－23,4352
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10330 Å2
手法PISA
12
B: Thioredoxin 1
D: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7895
ポリマ－23,4352
非ポリマー3553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.65, 88.80, 118.08
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Thioredoxin 1 / TRX1 / TRX


分子量: 11717.413 Da / 分子数: 7 / 変異: G74S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA, fipA, tsnC / プラスミド: pTk100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: P0AA25
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.4
詳細: 60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月20日 / 詳細: Montel Optics
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.65 Å / Num. all: 26472 / Num. obs: 26251 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.48 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rsym value: 0.0465 / Net I/σ(I): 21.28
反射 シェル解像度: 2.6→2.65 Å / 冗長度: 1.96 % / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique all: 1351 / Rsym value: 0.3179 / % possible all: 93.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
PROTEUM PLUS2データ削減
SAINTデータスケーリング
SADABSデータスケーリング
XPREPデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2TRX_A

解像度: 2.6→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 11.143 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.154 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Xtalview, Molprobity were also used for the refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1328 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.207 ---
obs-24866 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5659 0 56 119 5834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9898007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7235738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.15726.553235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.681151013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.353158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.22521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.23946
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.29623824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00135977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1322336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.66332030
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.6670.391870.28517290.29191095.079
2.667-2.740.358930.26717540.271188098.245
2.74-2.820.3991060.26116660.269180298.335
2.82-2.9060.347880.24916820.254178799.049
2.906-3.0020.306910.22716170.231171299.766
3.002-3.1070.256890.19715840.21673100
3.107-3.2240.322740.2215320.2251606100
3.224-3.3550.2771040.20314510.2091555100
3.355-3.5040.236700.20314270.2051497100
3.504-3.6750.271690.20713520.211421100
3.675-3.8730.292620.18112990.1851361100
3.873-4.1070.205640.17912300.1811294100
4.107-4.3890.244630.17211480.1751211100
4.389-4.740.199600.14810920.1511152100
4.74-5.190.226400.1610110.1631051100
5.19-5.7980.243440.1929140.194958100
5.798-6.6880.321460.2228160.227862100
6.688-8.1730.337370.216930.216730100
8.173-11.4820.211280.1495660.152594100
11.482-29.650.308130.2823030.28436087.778

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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