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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fbo | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Two Tandem V-type Regions of VCBP3 (v-region-containing chitin binding protein) to 1.85 A | ||||||
要素 | variable region-containing chitin-binding protein 3 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin (抗体) / VCBP / chitin binding protein / v-type / v set | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Branchiostoma floridae (ナメクジウオ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Jakoncic, J. / Cannon, J.P. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2006 タイトル: Ancient evolutionary origin of diversified variable regions demonstrated by crystal structures of an immune-type receptor in amphioxus 著者: Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Allaire, M. / Jakoncic, J. / Stojanoff, V. / Cannon, J.P. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fbo.cif.gz | 63.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fbo.ent.gz | 48.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fbo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/2fbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/2fbo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27288.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Branchiostoma floridae (ナメクジウオ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I9N0 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 1.7M Na Formate, 100 mM Na citrate, 200 mM MgCl, step soaking into 20% ethylene glycol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9192 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月13日 / 詳細: mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9192 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 5.9 % / 数: 52447 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.164 / D res high: 1.87 Å / D res low: 30 Å / % possible obs: 98.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 28179 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 0.988 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.59 / FOM acentric: 0.59 / FOM centric: 0.61 / 反射: 25970 / Reflection acentric: 24673 / Reflection centric: 1297 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 107.977 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.314 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
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Xplor file |
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