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- PDB-1jya: Crystal Structure of SycE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jya
タイトルCrystal Structure of SycE
要素YOPE regulator
キーワードCHAPERONE / SPECIFIC CHAPERONE / TYPE III SECRETION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system
類似検索 - 分子機能
Type III secretion chaperone SycE / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YopE regulator / YopE regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Ghosh, P. / Birtalan, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the Yersinia type III secretory system chaperone SycE.
著者: Birtalan, S. / Ghosh, P.
履歴
登録2001年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE SYCE PROTEIN, CHAINS A-B, MATCHES SWISS PROT ENTRY P31491, WHOSE ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE SYCE PROTEIN, CHAINS A-B, MATCHES SWISS PROT ENTRY P31491, WHOSE SOURCE IS YERSINIA PESTIS. THE SOURCE OF THE SYCE PROTEIN IN THIS ENTRY IS YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YOPE regulator
B: YOPE regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6002
ポリマ－29,6002
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.000, 75.190, 137.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

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要素

#1: タンパク質 YOPE regulator / yopE chaperone sycE


分子量: 14800.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: syce / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31491, UniProt: Q663P0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
解説: 25% PEG 4000, 0.3M MGCL2,0.1M TRIS, PH 8.5, 0.001M DTT
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5, temperature 100K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
125 %(w/v)PEG40001reservoir
2300 mM1reservoirMgCl2
3100 mMTris1reservoirpH8.5
41 mMdithiothreitol1reservoir
510 mMTris1droppH8.0
61 mMdithiothreitol1drop
740 mg/mlprotein1drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97918
検出器検出器: CCD / 日付: 2001年3月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→20 Å / Num. obs: 46896 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.74→20 Å / Isotropic thermal model: atomic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2376 5 %random 5%
Rwork0.236 ---
obs-46896 93.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.023 Å20 Å20 Å2
2--0.319 Å20 Å2
3---1.703 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 0 0 133 2028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0048
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.0365
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.8187
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.3497
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.5429
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 207 4.4 %
Rwork0.323 4487 -
obs-4487 99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CIS_PEPTIDE.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.77 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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