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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2efe | ||||||
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タイトル | Ara7-GDPNH2/AtVps9a | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / GEF / GTPase (GTPアーゼ) / Vps9 / Rab5 / nucleotide (ヌクレオチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell plate assembly / post-embryonic root development / cell wall biogenesis / intracellular organelle / embryo development ending in seed dormancy / vacuole organization / molecular sequestering activity / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / small molecule binding ...cell plate assembly / post-embryonic root development / cell wall biogenesis / intracellular organelle / embryo development ending in seed dormancy / vacuole organization / molecular sequestering activity / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / small molecule binding / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / early endosome membrane / エンドソーム / エンドソーム / GTPase activity / GTP binding / 小胞体 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Ihara, K. / Uejima, T. / Wakatsuki, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: GDP-bound and nucleotide-free intermediates of the guanine nucleotide exchange in the Rab5/Vps9 system 著者: Uejima, T. / Ihara, K. / Goh, T. / Ito, E. / Sunada, M. / Ueda, T. / Nakano, A. / Wakatsuki, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2efe.cif.gz | 179.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2efe.ent.gz | 140.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2efe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/2efe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/2efe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30168.316 Da / 分子数: 2 / 断片: Vps9 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9LT31 #2: タンパク質 | 分子量: 19887.432 Da / 分子数: 2 / 断片: GTPase domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9SN68 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 200mM lithium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→100 Å / Num. obs: 49631 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.18 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: nucleotide-free Ara7/AtVps9a which was solved by MAD 解像度: 2.08→68.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.764 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.447 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→68.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.082→2.136 Å / Total num. of bins used: 20
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