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- PDB-2drz: Crystal structure of the earthworm lectin C-terminal domain mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2drz
タイトルCrystal structure of the earthworm lectin C-terminal domain mutant in complex with lactose
要素29-kDa galactose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / EARTHWORM LUMBRICUS TERRESTRIS / SIALIC ACID (シアル酸) / GALACTOSE (ガラクトース) / IN VITRO EVOLUTION / BETA-TREFOIL FOLD / SUGAR COMPLEX (砂糖)
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / 29-kDa galactose-binding lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Lumbricus terrestris (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Suzuki, R. / Fujimoto, Z.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2007
タイトル: Tailoring a novel sialic acid-binding lectin from a ricin-B chain-like galactose-binding protein by natural evolution-mimicry
著者: Yabe, R. / Suzuki, R. / Kuno, A. / Fujimoto, Z. / Jigami, Y. / Hirabayashi, J.
#1: ジャーナル: To be Published / 年: 2006
タイトル: Sugar complex structures of the galactose-binding lectin EW29 C-half domain from the earthworm Lumbricus terrestris
著者: Suzuki, R. / Kuno, A. / Hasegawa, T. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Momma, M. / Fujimoto, Z.
#2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of the C-terminal domain of galactose-binding lectin EW29 from the earthworm Lubmricus terrestris
著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Hasegawa, T.
#3: ジャーナル: To be Published / 年: 2006
タイトル: In vitro selection of carbohydrate-binding protein by using advanced ribosome display
著者: Yabe, R. / Kuno, A. / Sawata, Y.S. / Hirabayashi, J. / Jigamai, Y. / Taira, K. / Hasegawa, T.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Novel galactose-binding proteins in Annelida. Characterization of 29-kDa tandem repeat-type lectins from the earthworm Lumbricus terrestris
著者: Hirabayashi, J. / Dutta, S.K. / Kasai, K.
履歴
登録2006年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 29-kDa galactose-binding lectin
B: 29-kDa galactose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9338
ポリマ－28,8642
非ポリマー1,0696
水2,990166
1
A: 29-kDa galactose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0635
ポリマ－14,4321
非ポリマー6304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 29-kDa galactose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8713
ポリマ－14,4321
非ポリマー4382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.186, 89.296, 41.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 29-kDa galactose-binding lectin


分子量: 14432.154 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 変異: E148G,I227N,D230G,I231V,E237G,G239S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lumbricus terrestris (無脊椎動物)
プラスミド: pET27 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O96048
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEGMME2000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate trihydrate, 15mg/ml lactose, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 23978 / Num. obs: 12268 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 465.4 / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2
反射 シェル解像度: 2.19→2.28 Å / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D12

2d12
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.19→27.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 939258.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 626 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 12244 90.4 %-
all-13528 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.0461 Å2 / ksol: 0.287112 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å22.35 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---0.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→27.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2040 0 66 166 2272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 105 5.5 %
Rwork0.263 1818 -
obs-1183 85.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2cis_peptide4F61L.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3carbo_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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