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- PDB-2zqo: Crystal structure of the earthworm R-type lectin C-half in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zqo
タイトルCrystal structure of the earthworm R-type lectin C-half in complex with GalNAc
要素29-kDa galactose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / EARTHWORM LUMBRICUS TERRESTRIS / HEMAGGLUTININ / R-TYPE LECTIN / BETA-TREFOIL FOLD / SUGAR COMPLEX / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IMIDAZOLE / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / PHOSPHATE ION / 29-kDa galactose-binding lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Lumbricus terrestris (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Suzuki, R. / Kuno, A. / Hasegawa, T. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Momma, M. / Fujimoto, Z.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Sugar-complex structures of the C-half domain of the galactose-binding lectin EW29 from the earthworm Lumbricus terrestris
著者: Suzuki, R. / Kuno, A. / Hasegawa, T. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Momma, M. / Fujimoto, Z.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of the C-terminal domain of galactose-binding lectin EW29 from the earthworm Lumbricus terrestris
著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Hasegawa, T.
#2: ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2007
タイトル: Tailoring a novel sialic acid-binding lectin from a ricin-B chain-like galactose-binding protein by natural evolution-mimicry
著者: Yabe, R. / Suzuki, R. / Kuno, A. / Fujimoto, Z. / Jigami, Y. / Hirabayashi, J.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Novel galactose-binding proteins in Annelida. Characterization of 29-kDa tandem repeat-type lectins from the earthworm Lumbricus terrestris
著者: Hirabayashi, J. / Dutta, S.K. / Kasai, K.
履歴
登録2008年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2008年9月2日ID: 2AO3
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 29-kDa galactose-binding lectin
B: 29-kDa galactose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,58611
ポリマ－29,2352
非ポリマー1,3519
水5,675315
1
A: 29-kDa galactose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3366
ポリマ－14,6171
非ポリマー7195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 29-kDa galactose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2505
ポリマ－14,6171
非ポリマー6324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.210, 34.747, 61.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-515-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 29-kDa galactose-binding lectin


分子量: 14617.369 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lumbricus terrestris (無脊椎動物)
プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O96048
#2: 糖
ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 320分子

#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: sodium chloride, dipotassium hydrogen phosphate, sodium dihydrogen phosphate, imidazole, cadmium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 23141 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique all: 2213 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XYF

1xyf


解像度: 1.8→48.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 2.766 / SU ML: 0.09 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25981 1190 5.1 %RANDOM
Rwork0.19212 ---
obs0.19542 21951 97.08 %-
all-23837 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2077 0 81 315 2473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.9712990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3265258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13226105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.56915373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.329157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21496
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8821.51339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43722109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1993988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3064.5881
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 85 -
Rwork0.192 1495 -
obs-2213 91.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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