PDB-2cwm: Native Crystal Structure of NO releasing inductive lectin from se...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cwm

タイトル

Native Crystal Structure of NO releasing inductive lectin from seeds of the Canavalia maritima (ConM)

要素

lectin

レクチン

キーワード

METAL BINDING PROTEIN /

Lectin (レクチン) /

Canavalia maritima (ナガミハマナタマメ)

機能・相同性

機能・相同性情報

D-mannose binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Canavalia maritima (ナガミハマナタマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Cavada, B.S. / De Azevedo Jr., W.F. / Assreuy, A.M.S. / Criddle, D.N. / Gadelha, C.A.A. / Delatorre, P. / Souza, E.P. / Rocha, B.A.M. / Santi-Gadelha, T. / Moreno, F.B.M.B.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2005
タイトル: Native crystal structure of a nitric oxide-releasing lectin from the seeds of Canavalia maritima
著者: Gadelha, C.A.A. / Moreno, F.B.M.B. / Santi-Gadelha, T. / Cajazeiras, J.B. / Rocha, B.A.M. / Assreuy, A.M.S. / Lima Mota, M.R. / Pinto, N.V. / Passos Meireles, A.V. / Borges, J.C. / Freitas, B. ...

履歴

登録	2005年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cwm.cif.gz	107.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cwm.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cwm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/2cwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/2cwm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4k20-1 2ctv-1 1scr-1 2ovu-2 1dq1-1 2d7f-2 2cy6-1 5cna-d 2enr-1 1i3h-1 1wuv-2 2d3r-d 1enr-1 5z5n-d 1azd-d 1con-1 4k21-1 1nls-1 5zac-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (6) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (6)

登録構造単位

A: lectin

D: lectin

ヘテロ分子

51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: lectin

D: lectin

ヘテロ分子

A: lectin

D: lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.916, 97.617, 71.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-309- HOH
2	1	D-291- HOH

#1: タンパク質	lectin / レクチン分子量: 25494.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Canavalia maritima (ナガミハマナタマメ) 組織: seeds種子 / 参照: UniProt: P81364
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Hepes-Na, ammonium sulfate, PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月5日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→25.91 Å / Num. all: 34308 / Num. obs: 34238 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.122
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / % possible all: 97.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
MAR345		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→24.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 3.656 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23692	1713	5 %	RANDOM
R_work	0.18908	-	-	-
all	0.1987	34238	-	-
obs	0.19149	32507	97.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.953 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3602	0	4	234	3840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	3682
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.052	1.925	5018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.974	3	7500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.601	5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.937	24.805	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.976	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.423	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	730
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	3426
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.104	0.2	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.107	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.556	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.257	1.5	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.304	1.5	968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.025	2	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.096	3	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.288	4.5	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	136	-
R_work	0.19	2353	-
obs	-	-	99.24 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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