+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cnj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR studies on the interaction of Insulin-Growth Factor II (IGF-II) with IGF2R domain 11 | ||||||
要素 | CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR | ||||||
キーワード | RECEPTOR (受容体) / TRANSPORT / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / IGF2R / CANCER (悪性腫瘍) / MEMBRANE (生体膜) / LYSOSOME (リソソーム) / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-II (インスリン様成長因子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / lysosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / D-mannose binding / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / animal organ regeneration / response to retinoic acid / 小胞 / receptor-mediated endocytosis / post-embryonic development / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / liver development / phosphoprotein binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ゴルジ体 / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / 精子形成 / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / WATER REFINED IN CNS | ||||||
データ登録者 | Williams, C. / Prince, S. / Zaccheo, O. / Hassan, A.B. / Crosby, J. / Crump, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2007 タイトル: Structural Insights Into the Interaction of Insulin-Like Growth Factor 2 with Igf2R Domain 11. 著者: Williams, C. / Rezgui, D. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Foulstone, E.J. / Forbes, B.E. / Norton, R.S. / Crosby, J. / Hassan, A.B. / Crump, M.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cnj.cif.gz | 839.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2cnj.ent.gz | 700.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/2cnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/2cnj | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16651.848 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 11, RESIDUES 1508-1650 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11717 |
---|---|
構成要素の詳細 | PROMOTES THE TRANSPORT OF PHOSPHORYL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON UNLABELLED, 15N AND 13C, 15N-LABELED DOMAIN 11. |
-試料調製
詳細 | 内容: 5% D2O/ 95% H2O |
---|---|
試料状態 | pH: 5.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: WATER REFINED IN CNS / ソフトェア番号: 1 詳細: WATER REFINED USING RECORRD SCIPTS IN CNS. A.J.NEDERVEEN,J.F.DORELEIJERS,W.VRANKEN, Z.MILLER, C.A.SPRONK, S.B.NABUURS, P.GUNTERT, M.LIVNY, J.L.MARKLEY, M.NILGES, E.L.ULRICH, R.KAPTEIN AND A.M. ...詳細: WATER REFINED USING RECORRD SCIPTS IN CNS. A.J.NEDERVEEN,J.F.DORELEIJERS,W.VRANKEN, Z.MILLER, C.A.SPRONK, S.B.NABUURS, P.GUNTERT, M.LIVNY, J.L.MARKLEY, M.NILGES, E.L.ULRICH, R.KAPTEIN AND A.M.BONVIN, PROTEINS. RECOORD: A RECALCULATED COORDINATES DATABASE OF 500+ PROTEINS FROM THE PDB USING RESTRAINTS FROM THE BIOMAGRESBANK. PROTEINS 59, 662-672. | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY, LEAST VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |