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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2brs | |||||||||
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タイトル | EMBP Heparin complex | |||||||||
要素 | EOSINOPHIL-GRANULE MAJOR BASIC PROTEIN | |||||||||
キーワード | LECTIN (レクチン) / ANTIBIOTIC (抗生物質) / EMBP / EOSINOPHIL (好酸球) / EOSINOPHIL GRANULE PROTEIN / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / HEPARIN-BINDING / IMMUNE RESPONSE (免疫応答) / PROTEOGLYCAN (プロテオグリカン) / HEPARIN (ヘパリン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extracellular matrix structural constituent conferring compression resistance / defense response to nematode / negative regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interleukin-4 production / 小胞 / heparin binding / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / ficolin-1-rich granule lumen ...extracellular matrix structural constituent conferring compression resistance / defense response to nematode / negative regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interleukin-4 production / 小胞 / heparin binding / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / ficolin-1-rich granule lumen / defense response to bacterium / 免疫応答 / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Swaminathan, G.J. / Myszka, D.G. / Katsamba, P.S. / Ohnuki, L.E. / Gleich, G.J. / Acharya, K.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Eosinophil-Granule Major Basic Protein, a C-Type Lectin, Binds Heparin 著者: Swaminathan, G.J. / Myszka, D.G. / Katsamba, P.S. / Ohnuki, L.E. / Gleich, G.J. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2brs.cif.gz | 63 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2brs.ent.gz | 46.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2brs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/2brs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/2brs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1h8uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.7405, 0.04083, 0.67081), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13820.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HEPARIN SULPHATE / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: EOSINOPHIL / 参照: UniProt: P13727 #2: 多糖 | 2-O-sulfo-beta-L-altropyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | FUNCTION: IT IS A CYTOTOXIN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 203 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.449 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.449 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 12698 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H8U 解像度: 2.2→35.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1525227.49 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.024 Å2 / ksol: 0.400786 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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