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- PDB-3i8o: A domain of a functionally unknown protein from Methanocaldococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i8o
タイトルA domain of a functionally unknown protein from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661.
要素KH domain-containing protein MJ1533
キーワードRNA BINDING PROTEIN / APC89320.5 / Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / PIN domain / 5'-nuclease / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Large family of predicted nucleotide-binding domains / KH domain / PIN domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. ...: / PIN domain / 5'-nuclease / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Large family of predicted nucleotide-binding domains / KH domain / PIN domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized KH and PIN-domain containing protein MJ1533
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.638 Å
データ登録者Tan, K. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A domain of a functionally unknown protein from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661.
著者: Tan, K. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KH domain-containing protein MJ1533
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5768
ポリマ－16,1781
非ポリマー3987
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: KH domain-containing protein MJ1533
ヘテロ分子

A: KH domain-containing protein MJ1533
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,15216
ポリマ－32,3562
非ポリマー79514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.988, 87.988, 96.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

CL

詳細It is a monomer in solution.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 KH domain-containing protein MJ1533


分子量: 16178.149 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 27-165 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: Methanocaldococcus jannaschii / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q58928

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非ポリマー , 5種, 12分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.14M CaCl2, 0.07M Sodium Acetate, 14%(v/v) Isopropanol and 30%(v/v)glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.638→38.12 Å / Num. all: 5822 / Num. obs: 5822 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.71 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.893 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.638→38.116 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 26.55 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 473 4.46 %
Rwork0.1921 --
obs0.1951 5822 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.905 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.638→38.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 9 21 1136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1941517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.966430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6379-3.01950.26861440.23973361X-RAY DIFFRACTION98
3.0195-3.80370.31591690.17943358X-RAY DIFFRACTION100
3.8037-38.11970.22411600.18113414X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined2.74442.3117-0.93211.3937-0.38141.5733-0.08591.29451.1882-0.45860.97981.45340.6357-0.9581-0.19640.3488-0.182-0.05220.59060.27280.356739.923544.62534.3972
20.27981.6338-1.18172.3586-2.03051.25280.14460.88611.9948-0.26620.55592.279-1.0227-2.1604-0.41980.51960.010.07940.88310.48411.3827
30.54820.5120.25371.89910.44175.5186-0.49780.54970.20910.23110.66181.45571.73740.9457-0.28460.6511-0.34670.02860.67280.15550.3514
40.08760.30890.06371.2146-0.66320.68321.1425-1.37561.0921.1581-0.72911.0483-0.3653-0.8926-0.40331.2818-0.33280.67340.7499-0.37031.2618
50.86760.3866-0.79622.0264-0.81721.05550.4586-0.9422-0.70420.1404-0.1321-0.42460.3444-0.1707-0.1460.5087-0.15460.05470.40710.08580.3378
60.84881.4919-0.06592.38810.59091.1351-0.08770.3870.54720.69340.30490.44220.9528-0.1261-0.13210.416-0.09810.03650.29410.14350.1778
70.53990.4608-0.22051.27610.79350.24281.5118-0.3354-0.6637-0.1353-1.6901-1.1130.12190.1497-0.00530.3128-0.0377-0.03950.38460.18860.3301
80.04770.5505-1.5234-0.28-0.48072.26360.0910.0374-0.13170.01080.0209-0.16210.0477-0.0104-0.16930.2059-0.0409-0.01740.22270.05230.2075
精密化 TLSグループSelection details: chain A resid 148:165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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