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万見
- PDB-7ava: Solution structure of the fluorogen-activating protein FAST in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ava
タイトルSolution structure of the fluorogen-activating protein FAST in complex with the ligand N871b
要素FAST
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Fluorogen-activating protein PAS domain
機能・相同性PAS domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Chem-S1Q
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Baranov, M.S.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: NanoFAST: structure-based design of a small fluorogen-activating protein with only 98 amino acids.
著者: Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Goncharuk, M.V. / Povarova, N.V. / Sokolov, A.I. / Baleeva, N.S. / Smirnov, A.Y. / Myasnyanko, I.N. / Ruchkin, D.A. / Bukhdruker, S. / Remeeva, A. / Mishin, A. ...著者: Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Goncharuk, M.V. / Povarova, N.V. / Sokolov, A.I. / Baleeva, N.S. / Smirnov, A.Y. / Myasnyanko, I.N. / Ruchkin, D.A. / Bukhdruker, S. / Remeeva, A. / Mishin, A. / Borshchevskiy, V. / Gordeliy, V. / Arseniev, A.S. / Gorbachev, D.A. / Gavrikov, A.S. / Mishin, A.S. / Baranov, M.S.
履歴
登録2020年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5852
ポリマ－15,2491
非ポリマー3351
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 FAST


分子量: 15249.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-S1Q / (5~{Z})-5-[(2-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)methylidene]-3-methyl-2-[(~{E})-2-pyridin-4-ylethenyl]imidazol-4-one


分子量: 335.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
121isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
181isotropic13D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.85 mM [U-13C; U-15N] FAST, 0.90 mM N87, 20 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O
Label: H2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.85 mMFAST[U-13C; U-15N]1
0.90 mMN87natural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
0.01 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 40 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
qMDDOrekhov, Mayzel解析
TALOS-NCornilescu, Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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