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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i8o | ||||||
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タイトル | A domain of a functionally unknown protein from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661. | ||||||
要素 | KH domain-containing protein MJ1533 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / APC89320.5 / Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / RNA-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.638 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: A domain of a functionally unknown protein from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661. 著者: Tan, K. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3i8o.cif.gz | 68.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3i8o.ent.gz | 54.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3i8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i8o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | It is a monomer in solution. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16178.149 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 27-165 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / 遺伝子: Methanocaldococcus jannaschii / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q58928 |
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-非ポリマー , 5種, 12分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.14M CaCl2, 0.07M Sodium Acetate, 14%(v/v) Isopropanol and 30%(v/v)glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.638→38.12 Å / Num. all: 5822 / Num. obs: 5822 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.71 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.893 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.638→38.116 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 26.55 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.905 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.182 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.638→38.116 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A resid 148:165 |