+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bie | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Radiation damage of the Schiff base in phosphoserine aminotransferase (structure H) | ||||||
要素 | PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASEPhosphoserine transaminase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / AMINOTRANSFERASE (アミノ基転移酵素) / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (ピリドキサールリン酸) / RADIATION DAMAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS ALCALOPHILUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Dubnovitsky, A.P. / Ravelli, R.B.G. / Popov, A.N. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: Strain Relief at the Active Site of Phosphoserine Aminotransferase Induced by Radiation Damage. 著者: Dubnovitsky, A.P. / Ravelli, R.B.G. / Popov, A.N. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bie.cif.gz | 324.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2bie.ent.gz | 274.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bie.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/2bie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/2bie | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40374.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE LINKED TO 196 由来: (組換発現) BACILLUS ALCALOPHILUS (バクテリア) プラスミド: PBALC-PSAT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RME2, phosphoserine transaminase |
---|
-非ポリマー , 6種, 856分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
構成要素の詳細 | THIS ENTRY CONTAINS ONE OF NINE STRUCTURES THAT ARE DESCRIBED IN THE ACCOMPANYING JOURNAL ARTICLE. ...THIS ENTRY CONTAINS ONE OF NINE STRUCTURES |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % |
---|---|
結晶化 | pH: 8.2 詳細: 30% PEG 400, 200 MM MGCL2, 5% GLYCEROL, 100 MM TRIS PH 8.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.921 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→12 Å / Num. obs: 192648 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.3→12 Å / Num. parameters: 59520 / Num. restraintsaints: 72462 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.03. RESIDUES A 215, A 216, A 218, AND B 218 WERE MODELLED AS ALANINES. RESIDUES A 1, A 2, B 1, B 2, B 214, B215 AND B 216 WERE NOT MODELLED.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 32 / Occupancy sum hydrogen: 4936 / Occupancy sum non hydrogen: 6487.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→12 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|