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- PDB-2bdx: X-ray Crystal Structure of dihydromicrocystin-LA bound to Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bdx
タイトルX-ray Crystal Structure of dihydromicrocystin-LA bound to Protein Phosphatase-1
要素
  • DIHYDROMICROCYSTIN-LA
  • Serine/threonine protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunitSerine/threonine-specific protein kinase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protein phosphatase (プロテインホスファターゼ) / natural product inhibitors / microcystins / nodularins / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


PTW/PP1 phosphatase complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / protein phosphatase 1 binding / lamin binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / 微小管形成中心 / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process ...PTW/PP1 phosphatase complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / protein phosphatase 1 binding / lamin binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / 微小管形成中心 / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / 分裂溝 / blastocyst development / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of glial cell proliferation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / neuron differentiation / 動原体 / Separation of Sister Chromatids / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / Circadian Clock / presynapse / midbody / 精子形成 / mitochondrial outer membrane / 樹状突起スパイン / nuclear speck / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein domain specific binding / focal adhesion / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / 核小体 / protein kinase binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like ...Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROMICROCYSTIN-LA / : / : / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Microcystis aeruginosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Maynes, J.T. / Luu, H.A. / Cherney, M.M. / Andersen, R.J. / Williams, D. / Holmes, C.F. / James, M.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of Protein Phosphatase-1 Bound to Motuporin and Dihydromicrocystin-LA: Elucidation of the Mechanism of Enzyme Inhibition by Cyanobacterial Toxins.
著者: Maynes, J.T. / Luu, H.A. / Cherney, M.M. / Andersen, R.J. / Williams, D. / Holmes, C.F. / James, M.N.
履歴
登録2005年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Version format compliance
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
B: DIHYDROMICROCYSTIN-LA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0714
ポリマ－37,9612
非ポリマー1102
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.978, 99.978, 62.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit / Serine/threonine-specific protein kinase / PP-1G / Protein phosphatase 1C catalytic subunit


分子量: 37030.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Ppp1cc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36873, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド DIHYDROMICROCYSTIN-LA


タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド / クラス: 毒素毒素 / 分子量: 930.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Microcystis aeruginosa (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00106, DIHYDROMICROCYSTIN-LA
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.3 M lithium sulfate, Tris-HCl (100 mM, pH 8.0), polyethylene glycol 400 (2%) and beta-mercaptoethanol (10 mM), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 14724 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured obs: 2101 / Num. unique all: 2101 / Rsym value: 0.267 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MRRfactor: 34.5 / Cor.coef. Fo:Fc: 72.8 / Cor.coef. Io to Ic: 69.6
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å100 Å
Translation3 Å20 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1JK7

1jk7


解像度: 2.3→35.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 6.126 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 3 / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 739 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.214 ---
obs0.214 14689 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.699 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2403 0 2 35 2440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.9923325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1825292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22324.052116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.7615412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2941515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1470.31039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.51635
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.5154
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1220.337
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.54
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9481.51517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6322341
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0231085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0164.5984
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 67 -
Rwork0.209 995 -
all-1062 -
obs-15926 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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