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- PDB-2bcc: STIGMATELLIN-BOUND CYTOCHROME BC1 COMPLEX FROM CHICKEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bcc
タイトルSTIGMATELLIN-BOUND CYTOCHROME BC1 COMPLEX FROM CHICKEN
要素(UBIQUINOL CYTOCHROME C ...) x 10
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / UBIQUINONE (ユビキノン) / REDOX ENZYME / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RESPIRATORY CHAIN (電子伝達系) / STIGMATELLIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain ...Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal ...Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / 3-layer Sandwich / シトクロムb / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / STIGMATELLIN / UBIQUINONE-10 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / STIGMATELLIN / UBIQUINONE-10 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / シトクロムb / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR REPLACEMENT USING NATIVE STRUCTURE SOLVED BY THE SAME AUTHOR / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, Z. / Huang, L. / Shulmeister, V.M. / Chi, Y.I. / Kim, K.K. / Hung, L.W. / Crofts, A.R. / Berry, E.A. / Kim, S.H.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Electron Transfer by Domain Movement in Cytochrome Bc1
著者: Zhang, Z. / Huang, L. / Shulmeister, V.M. / Chi, Y.I. / Kim, K.K. / Hung, L.W. / Crofts, A.R. / Berry, E.A. / Kim, S.H.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Pathways for proton release during ubihydroquinone oxidation by the bc(1) complex.
著者: Crofts, A.R. / Hong, S. / Ugulava, N. / Barquera, B. / Gennis, R. / Guergova-Kuras, M. / Berry, E.A.
履歴
登録1998年9月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32013年5月22日Group: Database references
改定 1.42014年10月29日Group: Non-polymer description
改定 1.52017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.62020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02023年8月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
Remark 300 BIOMOLECULE DETERGENT SOLUBILIZED ENZYME IS DIMERIC, SAME DIMERIC RELATIONSHIP IS FOUND IN ... BIOMOLECULE DETERGENT SOLUBILIZED ENZYME IS DIMERIC, SAME DIMERIC RELATIONSHIP IS FOUND IN DIFFERENT CRYSTAL FORMS, SOMETIMES ON CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD. THIS DIMERIC BIOMOLECULES IS PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT, HOWEVER THIS PDB ENTRY DOES NOT CONTAIN THE ASYMMETRIC UNIT BUT ONLY ONE MONOMER. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE.
Remark 350 GENERATING THE BIOMOLECULE COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY ... GENERATING THE BIOMOLECULE COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. BIOMOLECULE: 1 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B, C, D, E, F, G, H, I, J BIOMT1 1 -0.836106 -0.548567 -0.000520 130.10969 BIOMT2 1 -0.548555 0.836080 0.007595 38.18410 BIOMT3 1 -0.003732 0.006636 -0.999971 169.17245

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
B: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
C: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
D: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
E: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
F: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
G: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
H: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
I: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
J: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,09919
ポリマ－228,94810
非ポリマー5,1529
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.460, 182.450, 241.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: generate
Matrix: (-0.836106, -0.548567, -0.00052), (-0.548555, 0.83608, 0.007595), (-0.003732, 0.006636, -0.999971)
ベクター: 130.1097, 38.1841, 169.17245)

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要素

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UBIQUINOL CYTOCHROME C ... , 10種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 49795.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P31800*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 45091.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P23004*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#3: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 42622.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P18946, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 27357.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P00125*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#5: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 21739.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P13272*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 13400.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P00129*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 9715.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P13271*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 9223.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P00126*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質・ペプチド UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 2826.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 7175.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P00130*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

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糖 , 1種, 1分子

#15: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 8分子

#11: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#12: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#13: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE / Discrete optimized protein energy


分子量: 744.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-SIG / STIGMATELLIN / Stigmatellin


分子量: 482.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O5 / コメント: 阻害剤*YM
#16: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

配列の詳細THOUGH PROTEINS IN THIS ENTRY ARE FROM CHICKEN, BOVINE SEQUENCES WERE USED FOR MODELING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.7 %
結晶化pH: 6.7
詳細: 20MM KMES PH6.7, 75MM NACL, 10% GLYCEROL, AND 6% PEG4000, INHIBITOR WAS ADDED FROM ETHANOLIC SOLUTION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月4日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→10000 Å / Num. obs: 117928 / % possible obs: 77.1 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.38→3.56 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ALMNモデル構築
TFFC(CCP4 PACKAGE)モデル構築
RAVEモデル構築
CNS0.1精密化
CCP4(ALMN位相決定
TFFC位相決定
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMENT USING NATIVE STRUCTURE SOLVED BY THE SAME AUTHOR
開始モデル: PDB 1BCC

1bcc


解像度: 3.5→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 4034 5 %RANDOM
Rwork0.284 ---
obs0.284 80760 85.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 4.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.43 Å20 Å20 Å2
2--14.79 Å20 Å2
3---4.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.65 Å0.56 Å
Luzzati d res low-12 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15439 0 315 0 15754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 621 5.3 %
Rwork0.329 11079 -
obs--75.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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