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万見
- PDB-2av7: Crystal structure of HTLV-1 TAX peptide Bound to Human Class I MH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2av7
タイトルCrystal structure of HTLV-1 TAX peptide Bound to Human Class I MHC HLA-A2 with the K66A mutation in the heavy chain.
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Trans-activating transcriptional regulatory peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / TAX peptide / MHC / mutated HLA-A2 / K66A.
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / : / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna ...symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / : / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / regulation of mRNA stability / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / SH3 domain binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / cellular response to lipopolysaccharide / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
HTLV Tax / HTLV Tax / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like ...HTLV Tax / HTLV Tax / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Protein Tax-1 / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human T-cell leukemia virus 1
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Borbulevych, O.Y. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Unraveling a Hotspot for TCR Recognition on HLA-A2: Evidence Against the Existence of Peptide-independent TCR Binding Determinants.
著者: Gagnon, S.J. / Borbulevych, O.Y. / Davis-Harrison, R.L. / Baxter, T.K. / Clemens, J.R. / Armstrong, K.M. / Turner, R.V. / Damirjian, M. / Biddison, W.E. / Baker, B.M.
履歴
登録2005年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42013年3月13日Group: Other
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Trans-activating transcriptional regulatory peptide
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Trans-activating transcriptional regulatory peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,33326
ポリマ－89,4916
非ポリマー1,84220
水12,520695
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Trans-activating transcriptional regulatory peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,03517
ポリマ－44,7463
非ポリマー1,28914
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Trans-activating transcriptional regulatory peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2989
ポリマ－44,7463
非ポリマー5536
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.320, 62.532, 74.801
Angle α, β, γ (deg.)82.13, 76.57, 78.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31796.098 Da / 分子数: 2 / 変異: K66A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pHN1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pHN1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Trans-activating transcriptional regulatory peptide / X-LOR protein / PX protein


分子量: 1070.280 Da / 分子数: 2 / Fragment: HTLV-1 TAX peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Commercial synthesis
由来: (合成) Human T-cell leukemia virus 1 (isolate Caribbea HS-35 subtype A) (ウイルス)
参照: UniProt: P14079
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350 24%, MES 0.025M., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月21日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 56534 / Num. obs: 53990 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 4763 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1DUZ

1duz


解像度: 2.05→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.077 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23408 2612 5.1 %RANDOM
Rwork0.17149 ---
all0.17472 53796 --
obs0.17472 49005 95.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20.32 Å20.36 Å2
2---0.78 Å20.19 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6314 0 120 695 7129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0216607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9431.938930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.635762
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1570.082916
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.51003
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.130.0872
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9621.53826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69526160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.93932781
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3524.52770
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.101 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.299 175
Rwork0.215 3140
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29060.13380.10811.6517-0.28872.5216-0.0849-0.0250.12960.02370.00150.0137-0.15760.05220.08340.1211-0.0082-0.01370.0995-0.02120.12712.58213.53116.8435
21.9097-1.8966-1.48954.31662.20213.07410.04860.1474-0.0898-0.223-0.01160.02190.14060.0574-0.0370.1492-0.0147-0.01080.1091-0.00210.13126.6161-19.4264-6.16
32.17782.1205-0.51934.619-0.73171.6702-0.06950.1209-0.0135-0.13960.07190.25250.0874-0.1614-0.00240.11010.0035-0.01050.13920.00580.1329-10.9561-4.9198-6.7121
40.7093-0.0228-0.83075.5722-5.33338.8032-0.0786-0.46090.45361.03750.11030.147-1.38810.0953-0.03170.26440.0312-0.04480.2578-0.00450.17243.333721.543910.2466
51.1942-0.34390.00162.29250.46222.1362-0.04920.04860.08150.03250.0043-0.0744-0.04910.0360.04490.10760.00110.01930.11830.02580.11942.469647.511626.8793
64.85631.8683-3.21122.2027-1.02692.92320.05380.029-0.1003-0.0401-0.0909-0.01040.0585-0.13430.0370.0630.0234-0.00560.1153-0.00040.113425.567618.954339.5314
71.0286-0.72240.05355.38350.77242.4102-0.0136-0.0609-0.06030.05850.0524-0.17020.0926-0.0351-0.03890.0025-0.00830.0140.130.00080.098247.302225.20440.1338
81.71990.32992.5683.531-0.4844.4729-0.50520.48210.4632-0.9155-0.13540.0805-1.22240.27370.64070.1392-0.0107-0.02340.18920.0480.207144.729555.323523.5303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1821 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2AA183 - 275183 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3BB0 - 991 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4CC1 - 91 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5DD1 - 1821 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6DD183 - 275183 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7EE0 - 991 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8FF1 - 91 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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