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万見
- PDB-2au4: Class I GTP aptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2au4
タイトルClass I GTP aptamer
要素Class I RNA aptamer to GTP
キーワードRNA (リボ核酸) / aptamer (アプタマー)
機能・相同性グアノシン三リン酸 / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Carothers, J.M. / Davis, J.H. / Chou, J.J. / Szostak, J.W.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2006
タイトル: Solution structure of an informationally complex high-affinity RNA aptamer to GTP.
著者: Carothers, J.M. / Davis, J.H. / Chou, J.J. / Szostak, J.W.
履歴
登録2005年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class I RNA aptamer to GTP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8472
ポリマ－13,3241
非ポリマー5231
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 Class I RNA aptamer to GTP


分子量: 13323.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro selection
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D 13C-separated NOESY
1233D 15N-separated NOESY
1332D NOESY
144DQF-COSY
4552D 1H decoupled 13C-1H CT HSQC
4652D 13C-1H CT-TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13.3 mM Class I aptamer U-15N, 13C, 3.63 mM GTP ligand NA, 10 % phosphate buffer NA, 99% D2O99% D2O
20.9 mM Class I aptamer NA, 0.99 nM GTP ligand U-15N, 13C, 10 % phospate buffer NA, 99% D2O99% D2O
33.3 mM Class I aptamer U-15N, 13C; 3.63 mM GTP ligand NA; 10 % phosphate buffer NA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
40.9 mM Class I aptamer NA; 0.99 nM GTP ligand U-15N, 13C; 10 % phospate buffer NA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
50.8 mM Class I RNA aptamer U-15N,13C, 0.9 mM GTP NA, 10% phosphate buffer NA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
60.5 mM Class I RNA aptamer U-15N,13C, 0.55 mM GTP NA, 18 mL/mg Pf1 phage NA, 10% phosphate buffer NA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
15 mM MgCl2, 75 mM KCl 6.1 ambient 288 K
25 mM MgCl2, 75 mM KCl 6.1 ambient 303 K
35 mM MgCl2, 75 mM KCl 6.1 ambient 298 K
45 mM MgCl2, 75 mM KCl 6.8 ambient 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA5002
Varian UNITYVarianUNITY4003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio解析
XPLOR-NIH2.9.2Clore, Tjandra, Schwieters, Kuszewski構造決定
Sparky3Kneller and Kuntzデータ解析
XPLOR-NIH2.9.2Clore, Tjandra, Schwieters, Kuszewski精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: structures are based on a total of 434 restraints
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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