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- PDB-2as5: Structure of the DNA binding domains of NFAT and FOXP2 bound spec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2as5
タイトルStructure of the DNA binding domains of NFAT and FOXP2 bound specifically to DNA.
要素
  • 5'-D(AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*)-3'
  • 5'-D(TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*)-3'
  • Forkhead box protein P2フォークヘッドボックスタンパク質
  • Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2NFAT
キーワードTranscription/DNA / Forkhead Domain (フォークヘッドボックスタンパク質) / RHR Domain / Rel Homology Region / IG Fold / Winged Helix-Turn-Helix / B-DNA / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


caudate nucleus development / putamen development / : / transcription factor AP-1 complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / myotube cell development / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / calcineurin-NFAT signaling cascade / cartilage development / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation ...caudate nucleus development / putamen development / : / transcription factor AP-1 complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / myotube cell development / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / calcineurin-NFAT signaling cascade / cartilage development / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / positive regulation of myoblast fusion / Calcineurin activates NFAT / phosphatase binding / positive regulation of B cell proliferation / cellular response to calcium ion / FCERI mediated Ca+2 mobilization / 14-3-3 protein binding / B cell receptor signaling pathway / cerebral cortex development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / 遊走 / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / FOXP, coiled-coil domain / FOXP coiled-coil domain / Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / フォークヘッドボックスタンパク質 / Fork head domain conserved site 2 ...: / FOXP, coiled-coil domain / FOXP coiled-coil domain / Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / フォークヘッドボックスタンパク質 / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Immunoglobulin E-set / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Forkhead box protein P2 / Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wu, Y. / Stroud, J.C. / Borde, M. / Bates, D.L. / Guo, L. / Han, A. / Rao, A. / Chen, L.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: FOXP3 Controls Regulatory T Cell Function through Cooperation with NFAT.
著者: Wu, Y. / Borde, M. / Heissmeyer, V. / Feuerer, M. / Lapan, A.D. / Stroud, J.C. / Bates, D.L. / Guo, L. / Han, A. / Ziegler, S.F. / Mathis, D. / Benoist, C. / Chen, L. / Rao, A.
履歴
登録2005年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*)-3'
B: 5'-D(AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*)-3'
C: 5'-D(TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*)-3'
D: 5'-D(AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*)-3'
N: Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
M: Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
F: Forkhead box protein P2
G: Forkhead box protein P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,02510
ポリマ－112,9768
非ポリマー492
水2,072115
1
A: 5'-D(TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*)-3'
B: 5'-D(AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*)-3'
N: Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
F: Forkhead box protein P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5125
ポリマ－56,4884
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*)-3'
D: 5'-D(AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*)-3'
M: Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
G: Forkhead box protein P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5125
ポリマ－56,4884
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.455, 157.447, 67.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 ACBD

#1: DNA鎖 5'-D(TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*)-3'


分子量: 6491.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase synthesis
#2: DNA鎖 5'-D(AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*)-3'


分子量: 6389.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 2種, 4分子 NMFG

#3: タンパク質 Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2 / NFAT / T cell transcription factor NFAT1 / NFAT pre-existing subunit / NF-ATp


分子量: 32582.117 Da / 分子数: 2 / Fragment: NFAT1 DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFATC2, NFAT1, NFATP / プラスミド: pLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q13469
#4: タンパク質 Forkhead box protein P2 / フォークヘッドボックスタンパク質 / CAG repeat protein 44 / Trinucleotide repeat-containing gene 10 protein


分子量: 11025.630 Da / 分子数: 2 / Fragment: FOXP2 DNA BINDING DOMAIN / Mutation: D502I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXP2 / プラスミド: pET-30 LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O15409

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非ポリマー , 2種, 117分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: Cacodylic Acid, PEG 4k, Sodium Chloride, Magnesium Chloride, Glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Cacodylic Acidカコジル酸11
2PEG 4k11
3Sodium Chloride塩化ナトリウム11
4Magnesium Chloride11
5Glycerolグリセリン11
6H2O11
7Cacodylic Acidカコジル酸12
8PEG 4k12
9Sodium Chloride塩化ナトリウム12
10Magnesium Chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.107 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月22日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 32927 / Num. obs: 31620 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 86.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1a02, chain N

1a02


解像度: 2.7→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Data was collected to 39.3 Angstroms. Resolutions lower than 30 was not included for refinement
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2872 2940 Random
Rwork0.2382 --
obs0.2382 29530 -
all-32927 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å / Luzzati sigma a obs: 0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5994 1710 2 115 7821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.30582
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.633
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15677

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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