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- PDB-2r8j: Structure of the Eukaryotic DNA Polymerase eta in complex with 1,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r8j
タイトルStructure of the Eukaryotic DNA Polymerase eta in complex with 1,2-d(GpG)-cisplatin containing DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DAP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DC)-3')
  • DNA polymerase eta
キーワードREPLICATION / TRANSFERASE/DNA / protein-cisplatin-DNA-dNTP complex / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / damaged DNA binding ...Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cisplatin / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Carell, T. / Alt, A. / Lammens, K.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Bypass of DNA lesions generated during anticancer treatment with cisplatin by DNA polymerase eta
著者: Alt, A. / Lammens, K. / Chiocchini, C. / Lammens, A. / Pieck, J.C. / Kuch, D. / Hopfner, K.P. / Carell, T.
履歴
登録2007年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DAP*DG)-3')
U: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DC)-3')
P: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DAP*DG)-3')
T: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DC)-3')
A: DNA polymerase eta
B: DNA polymerase eta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,19014
ポリマ－137,4966
非ポリマー1,6958
水2,180121
1
Q: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DAP*DG)-3')
U: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DC)-3')
A: DNA polymerase eta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5957
ポリマ－68,7483
非ポリマー8474
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
P: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DAP*DG)-3')
T: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DC)-3')
B: DNA polymerase eta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5957
ポリマ－68,7483
非ポリマー8474
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.090, 104.090, 293.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 QPUT

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DAP*DG)-3')


分子量: 2835.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYN
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DC)-3')


分子量: 3294.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYN

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA polymerase eta / E.C.2.7.7.7 / Radiation sensitive protein 30


分子量: 62617.781 Da / 分子数: 2 / Fragment: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MAN
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: YPH499 (ATCC 76625) / 遺伝子: RAD30, DBH1 / プラスミド: pExp007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 Rosetta / 参照: UniProt: Q04049, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 4種, 129分子

#4: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum


分子量: 300.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 170 mM Calcium chloride, 16% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CaCl211
2PEG 335011
3CaCl212
4PEG 335012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 30191 / Num. obs: 30191 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 40.053 Å2 / Rsym value: 0.154 / Net I/σ(I): 16.98
反射 シェル最高解像度: 3.1 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.71 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JIH

1jih


解像度: 3.1→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2574 2412 12.4 %random
Rwork0.2082 ---
all-30031 --
obs-30031 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8103 818 66 121 9108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.20265
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00415
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.152.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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